ZZH0711 发表于 2025-2-26 09:38
大佬，我也看了这个官方教程“http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/”。该教程牵拉纤维是在一个溶液 ...

如果想让水分子不扩散到真空层，是不是还需要对水分子施加个谐振势限制？NPT应该是会压缩掉真空区域，NVT担心水分子发生扩散。

FrancisCho 发表于 2025-2-26 08:28
1、您可以看一下FEP方法；
2、可以用index.ndx添加组，将要选定的水分子组设定到Group2中；
3、我使用该 ...

大佬，我也看了这个官方教程“http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/”。该教程牵拉纤维是在一个溶液盒子中，采用NPT系综。如果使用真空层+水溶液，固定某一个水分子，然后牵拉外部离子进入水溶液，计算离子的溶解自由能，是不是需要使用NVT系综了（如果按照教程走，真空盒子就消失）？

1、您可以看一下FEP方法；
2、可以用index.ndx添加组，将要选定的水分子组设定到Group2中；
3、我使用该教程学习SMD+US+WHAM计算PMF（平均力势、自由能曲线（存疑，WHAM作者认为两者并不等价））“http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/”，其中有详细的SMD脚本与WHAM使用方法，目前我也一直在使用该教程的方法计算PMF。