你这是git-bash吧，和Windows不同，类Linux环境下寻找可执行文件目录不包括当前目录，你得把你的当前目录加入PATH，比如Windows下直接设置计算机->属性->高级系统设置->环境变量->系统变量->PATH，后面加一行E:\MD\Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64。或者你的shell里面执行export PATH=$PATH:`pwd`。如果你正确设置了PATH，不需要非在Multiwfn目录下跑脚本。