关于Tb3+配合物的结构确认以及优化问题

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发布时间: 2025-3-8 15:34

老师们好，新手小白求助，我参考了sob老师关于使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算（sobereva.com/581）后，想利用Gaussian 16复现一篇论文（10.1002/adfm.201100115，附件1）中关于Tb3+的镧系金属-有机框架 ...

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zbc201011 发表于 Post on 2025-3-17 09:32:13

wzkchem5 发表于 2025-3-14 15:33
检查补的氢原子的数目是否正确

好的，非常感谢王老师的回复，我重新确认下

zbc201011 发表于 Post on 2025-3-17 09:31:31

sobereva 发表于 2025-3-15 00:19
那是因为GFN-xTB不考虑内核电子，所以内核区域有一块电子密度空缺，出现了相应等值面

好的，非常感谢sob老师的回复

sobereva 发表于 Post on 2025-3-15 00:19:20

zbc201011 发表于 2025-3-14 15:17
谢谢sob老师的回复，抱歉拖了这么久才回复，由于课题组的计算资源有限，我按照您提供的方式处理后得到相 ...

那是因为GFN-xTB不考虑内核电子，所以内核区域有一块电子密度空缺，出现了相应等值面

wzkchem5 发表于 Post on 2025-3-14 15:33:33

zbc201011 发表于 2025-3-14 08:20
谢谢王老师的回复，抱歉拖了这么久才回复，由于有限的计算资源，我将与Tb配位的O全部补充了显示溶剂，并 ...

检查补的氢原子的数目是否正确

wzkchem5 发表于 Post on 2025-3-9 12:54:09

这个结构不对，（1）和Tb配位的O其实是H2O或OH；（2）除了那个配了很多O的Tb以外，其他Tb都缺显式溶剂。不要拿网上找的mol文件来不经处理就做计算，要根据化学常识加氢、补第一配位层的溶剂后才能计算

sobereva 发表于 Post on 2025-3-8 23:28:14

删DMF
除了被O完全配位的那个Tb外，不能让其它Tb就那么悬着，否则模型十分不合理（晶体结构中显然不是那样，肯定还有其它配位原子），此时电子结构还非常诡异，SCF注定很难收敛。那些Tb都删了，右侧两个COO当做COO-看待

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