aipacino 发表于 2025-3-8 22:56
老师 我已经通过Multiwfn+Gaussian+Sobtop得到了各个分子（离子）的gro top 以及itp文件，也通过packmol ...

自己手写top文件，include该被include的文件到里面去

pdb文件用editconf或Multiwfn或VMD都能转成gro文件，本来也没必要转，gromacs的命令又不是不认pdb文件

实在搞不明白的话建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统学习一遍，里面有极其丰富的例子，培训里给的拓扑文件都可以参照。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-8 18:28
gas是指RESP.sh这个shell脚本的第四个关键词，不是Gaussian输入文件里scrf关键词支持的solvent之一。用RE ...

老师 我已经通过Multiwfn+Gaussian+Sobtop得到了各个分子（离子）的gro top 以及itp文件，也通过packmol将他们搭建在了一个盒子里（mix.pdb），现在我应该如何得到整个盒子的gro文件和top文件以运行grompp命令得到tpr文件去做分子动力学模拟呢？

aipacino 发表于 2025-3-8 18:12
老师 我是按照http://sobereva.com/476写的gas，是因为版本不对所以g16不支持gas了吗？

我想计算真空 ...

gas是指RESP.sh这个shell脚本的第四个关键词，不是Gaussian输入文件里scrf关键词支持的solvent之一。用RESP2_ORCA.sh前应该先确保ORCA安装好、本体及其小程序orca_2mkl（https://www.faccts.de/docs/orca/ ... iled/utilities.html）能在命令行调用，把可执行文件的实际路径放到RESP2_ORCA.sh开头定义的两个变量里。还有，RESP和RESP2不是一回事，使用的脚本及出处的博文不同，用对懒人脚本的话并不需要自行分开计算气相与溶剂下的电荷。

aipacino 发表于 2025-3-8 17:48
你好 老师
我现在单独先计算CCOC的电荷仍然是报错：
QPErr --- A syntax error was detected in the i ...

写关键词不要自己发挥，仔细阅读手册http://gaussian.com/scrf/?tabid=7来确定Gaussian的scrf能指定什么溶剂。编辑：如果是指在气相下计算，不用溶剂模型就直接去掉scrf关键字即可。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-8 17:11
如果你要对锂盐电解液体系跑经典力场的分子动力学，应当对PF6-、二乙醚、甲乙醚等分子或离子分别计算原子电 ...

你好 老师
我现在单独先计算CCOC的电荷仍然是报错：
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
em=GD3BJ opt=loose scrf(solvent=gas)
                         '
Last state= "SCR2"
这个问题怎么处理呢

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-8 17:11
如果你要对锂盐电解液体系跑经典力场的分子动力学，应当对PF6-、二乙醚、甲乙醚等分子或离子分别计算原子电 ...

明白了，谢谢老师
确实我用RESP_orca把整个盒子拿去算电荷 768G内存都不够

如果你要对锂盐电解液体系跑经典力场的分子动力学，应当对PF6-、二乙醚、甲乙醚等分子或离子分别计算原子电荷、指认原子类型来产生拓扑文件（至于锂离子这样的单原子离子，去文献中找合适的参数），再填充小分子产生溶液盒子，而不是像现在这样整个体系一起处理。参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4。

就算不是这个目的，以通常的计算资源直接用Gaussian对553个原子的体系做DFT计算多半是算不动的，而且Gaussian更擅长孤立体系而非周期性体系的计算。