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计算单个SDS表面活性剂分子在水溶液中的SDF，产生相模拟第7ns分子断裂

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niuwenjin

发布时间: 2025-3-9 08:10

正文摘要:

各位老师好我现在在计算阴离子表面活性剂SDS分子对水分子的空间径向分布，在预平衡模拟后整体分子结构正常，但运行50ns产生相模拟的时候往往第7/8nsSDS分子发生分裂了。其中mdp文件选择的是冻结SDS分子。初始 ...

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xishaofan 发表于 Post on 2025-9-29 17:08:27

tptp 发表于 2025-9-29 08:28
top文件里面的键信息应该不正确，检查下应该成键的原子之间是否具备合理的bond，看着断裂的本质应该是开 ...

好的，谢谢！

tptp 发表于 Post on 2025-9-29 08:28:16

xishaofan 发表于 2025-9-28 18:33
你好，我在对阴离子表面活性剂跑MD也出现分子分裂这个问题，请问你是如何解决的？

top文件里面的键信息应该不正确，检查下应该成键的原子之间是否具备合理的bond，看着断裂的本质应该是开始的时候就没有连在一起。gromacs不支持模拟的时候断键

xishaofan 发表于 Post on 2025-9-28 18:33:07

你好，我在对阴离子表面活性剂跑MD也出现分子分裂这个问题，请问你是如何解决的？

niuwenjin 发表于 Post on 2025-3-10 13:28:00

sobereva 发表于 2025-3-9 22:31
挨个检查项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

sob老师
这个itp文件我是通过sobtop结合multiwfn对SDS表面活性剂（电荷负一）
我又检查了下，原子顺序是一致的（构建模拟文件的gro文件是sobtop产生的），[bonds]项我没有发现什么问题。
您看还会有什么因素吗
我尝试了调节补偿，从2fs到1fs 结果分子断裂的时间往后延长了些

sobereva 发表于 Post on 2025-3-9 22:31:32

挨个检查[bonds]项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

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