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使用packmol对粗粒化分子链进行建模,发生部分原子的错位的问题

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发布时间: 2025-3-10 11:03

正文摘要:

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-10 15:28 编辑 我在使用packmol对一段粗粒化的分子链用packmol进行建模的时候,使用如下的packmol脚本 此处虽然叫“50chains_PU”,但为了对比问题我只加载了一根链: tolera ...

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jrfjrf123 发表于 Post on 2025-3-11 08:51:19
Lance先生 发表于 2025-3-10 22:32
就只是把这结构放进一个盒子里面的话需要用到packmol吗?gmx一个指令就行吧。

感谢回答,确实我查了一下,gmx insert-molecules 可以实现这个功能,我之前没有注意到这个内置的函数

试了一下不会出现类似于packmol这样的情况
Lance先生 发表于 Post on 2025-3-10 22:32:42
就只是把这结构放进一个盒子里面的话需要用到packmol吗?gmx一个指令就行吧。

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