sobtop产生关于含硅分子的itp文件

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发布时间: 2025-3-10 15:06

sob老师，我有个分子含有Si原子，在经过g16优化后拿去用sobtop产生itp文件，产生过程中发现分配Si原子类型源于UFF力场，请问该如何让Si原子类型源于GAFF力场了。

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sobereva 发表于 Post on 2025-3-12 03:47:32

古与春分发表于 2025-3-11 10:45
老师，那这个需要自己在文献里找Si的力场参数，自己取sobtop里面设置嘛

让sobtop用UFF的Si的LJ参数，Si如果只涉及刚性的成键项参数，让sobtop直接猜或者基于Hessian计算；如果涉及柔性的二面角参数而且很关键，需要自己拟合

古与春分 发表于 Post on 2025-3-11 10:45:49

sobereva 发表于 2025-3-11 00:56
根本不可能
GAFF没定义Si的原子类型。看GAFF的原文便知。GAFF只对有机体系中常见元素有定义。

老师，那这个需要自己在文献里找Si的力场参数，自己取sobtop里面设置嘛

sobereva 发表于 Post on 2025-3-11 00:56:12

根本不可能
GAFF没定义Si的原子类型。看GAFF的原文便知。GAFF只对有机体系中常见元素有定义。

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