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求助隐式溶剂下模拟时直接崩溃了

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yrli12138

发布时间: 2025-3-10 18:03

正文摘要:

求问一下大家，我按照sob老师给的隐式溶剂的em.mdp和md.mdp进行模拟，结果正式模拟时直接崩溃了，是参数设置的问题吗？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-3-10 22:25:49

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “隐式溶剂模拟” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

mdp没明显问题。没其它信息没法说。可尝试先用更小的步长跑一阵再切换回原本步长

yrli12138 发表于 Post on 2025-3-10 19:20:00

很奇怪，我把gb-algorithm改为HCT之后就好了

yrli12138 发表于 Post on 2025-3-10 19:11:55

GoldenBaby 发表于 2025-3-10 18:08
GROMACS的隐式溶剂模型早就给砍了吧

对，所以我专门下的2018年版本的GROMACS

Stardust0831 发表于 Post on 2025-3-10 18:14:28

GMX的GB隐式溶剂模型从2019版本开始不再支持。

GoldenBaby 发表于 Post on 2025-3-10 18:08:33

GROMACS的隐式溶剂模型早就给砍了吧

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