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如何将三维静电势转化为一维图像

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发布时间: 2025-3-11 20:58

正文摘要:

各位大佬好,我最近看到了一篇文献,想请问一下如何能将三维静电势转化成一维图像,文献里的图片附加在下方。 我试着利用multiwfn的功能3去绘制,但感觉结果好像不太对,因为出来的一维静电势数值基本都是大于0的, ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-3-13 02:41:04
bbdfdhsh 发表于 2025-3-12 11:37
感谢sob老师!!老师我还有个小问题想请教一下您,就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢

那只是对两个点之间连线上绘制函数值的变化,没考虑对各个位置垂直的面上的值取平均,仔细看我博文里的公式
bbdfdhsh 发表于 Post on 2025-3-12 11:37:39
sobereva 发表于 2025-3-12 04:30
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/63 ...

感谢sob老师!!老师我还有个小问题想请教一下您,就是为什么这里multiwfn的功能3不能用呢
bbdfdhsh 发表于 Post on 2025-3-12 11:36:31
Stardust0831 发表于 2025-3-11 23:28
用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process gr ...

谢谢老师,我试一下,这个是原文pdfhttps://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c16555
sobereva 发表于 Post on 2025-3-12 04:30:53
参考下文
使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线
http://sobereva.com/638http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html
Stardust0831 发表于 Post on 2025-3-11 23:28:50
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-3-11 23:52 编辑

用主功能5的子功能12 Total electrostatic potential (ESP)导出ESP的格点数据。然后用主功能 13 Process grid data的子功能18 Plot (local) integral curve or plane-averaged in X/Y/Z direction绘制平面平均曲线。记得提前调整好分子朝向。
第一次修改:
思考了一下,当前办法似乎和主功能3不会有本质区别。图中的单位V A也很奇怪,建议直接把原文给出来吧。
第二次修改:
似乎可以这样,通过13 Process grid data的 11 Grid data calculation处理电荷密度格点数据(或者定义用户自定义函数),基于电子密度算出一个新的格点数据,让电子密度接近0.001 a.u.(也就是范德华表面)的区域的值比较大,电子密度为其他值的区域的值比较小或者为零,将这个新的格点数据与ESP的格点数据相乘。这样子相当于做了一个加权,只有靠近分子范德华表面的区域的ESP才会被统计。最后算平面平均即可。
这只是一个很不成熟的设想,如果有别的现成功能可以实现的话欢迎补充。

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