sobereva 发表于 2025-3-15 06:50 感谢sob老师的回复 |
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VMD读取多帧轨迹时根据第一帧的坐标判断成键关系。当前说明优化出来的不同团簇结构的成键关系不同。和traj.xyz里的初始结构（如原子间距离太近）、计算级别等设置都可能有关。你认为不靠谱的结构就忽略掉。并且看下文 谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html） |
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