student0618 发表于 2025-3-15 21:16 好的,谢谢老师 |
2 担心的话检查加的水有没有原子重叠、或跑到不该有的地方。 3 要排查的话应当提供完整command、选的index group等,所谓“正常步骤” 不同体系都会不同的。 4 可以的,很多超算资源每个job设时限都会要分段。 5 模拟是有随机性,有怀疑应检查轨迹对应部分发生了什么。重复性问题参考http://bbs.keinsci.com/thread-30143-1-1.html 二楼sob老师的回答。 6 要比较的话查查相关benchmark 横测文献,不同目的会不同的。全原子蛋白力场AmberFF14SB AmberFF19SB Charmm36m等模拟folded protein普遍都适用的。Amber 系列力场简单易用,非标准残基有标准、便捷的流程处理(如sob老师的sobtop),当然会普及。 |
student0618 发表于 2025-3-15 15:04 老师你好,问题2中的警告是在溶剂化操作出现的,忽略警告是否会在体系模拟中存在问题,或者有没有解决办法; 问题3是在按照正常模拟和分析步骤下进行,在提取轨迹时没有观察到添加的离子的存在,之前按照相同流程分析其他蛋白质,提取的轨迹有离子存在; 问题4我想问问一次性跑完与分开续跑是否会影响结果; 问题5我也看过sob老师的贴子,但是对于模拟出的结果,似乎波动较小,但最后模拟帧却又上抬的趋势,因此比较困惑,而且有一张图片中间出现较大波动,都是同一条件下模拟的,为什么会有较大差异.如果体系不平衡时,能否继续分析其他指标,如RMSF等; 问题6时对于结果生成的RMSD和RMSF图,是否有必要为了美化而进行平滑处理。还有对于蛋白质模拟,似乎amber力场用的较多,便想问问目前主流的模拟哪个较为准确?谢谢! |
本帖最后由 student0618 于 2025-3-15 15:05 编辑 首先,问问题时最好给你用的完整指令、gmx 版本、提供的讯息越多越好,方便排查。 1 是正常吧 2 问的时候最好说一下你在做什麽 3 没完整指令、mdp文件、重现“问题” 的完整部骤很难说 4 就算是同一system size,不同类型、不同目的也不能一概而论。同是300 residues, 模拟allostery或者folding或是ligand interaction,需时定然不同。 5 查看轨迹,也建议参考sob老师的帖“谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 27122&fromuid=64740 ” 6 a. 先了解一下RMSD RMSF这些是什么。 6 b. “蛋白质模拟” 有很多种,问的时候要更specific。disorder protein、 folded protein、 peptide aggregation、protein folding等不同目的、不同类别建议用的力场都可能不同。 |
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