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关于蛋白质水溶液模拟体系遇到的问题

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发布时间: 2025-3-15 10:29

正文摘要:

各位老师好,我在对300氨基酸大小的蛋白质体系进行模拟,力场用的amber14sb_parmbsc1.ff,分析在310K和333K温度下的体系变化。在模拟过程种遇到几个问题,请问是否会对模拟产生影响,并且是否有相关的解决方法。谢谢 ...

回复 Reply

gromacs11 发表于 Post on 2025-3-16 09:36:22
student0618 发表于 2025-3-15 21:16
2 担心的话检查加的水有没有原子重叠、或跑到不该有的地方。

3 要排查的话应当提供完整command、选的ind ...

好的,谢谢老师
student0618 发表于 Post on 2025-3-15 21:16:11
2 担心的话检查加的水有没有原子重叠、或跑到不该有的地方。

3 要排查的话应当提供完整command、选的index group等,所谓“正常步骤” 不同体系都会不同的。

4 可以的,很多超算资源每个job设时限都会要分段。

5 模拟是有随机性,有怀疑应检查轨迹对应部分发生了什么。重复性问题参考http://bbs.keinsci.com/thread-30143-1-1.html 二楼sob老师的回答。

6 要比较的话查查相关benchmark 横测文献,不同目的会不同的。全原子蛋白力场AmberFF14SB AmberFF19SB Charmm36m等模拟folded protein普遍都适用的。Amber 系列力场简单易用,非标准残基有标准、便捷的流程处理(如sob老师的sobtop),当然会普及。
gromacs11 发表于 Post on 2025-3-15 15:33:41
student0618 发表于 2025-3-15 15:04
首先,问问题时最好给你用的完整指令、gmx 版本、提供的讯息越多越好,方便排查。

1 是正常吧

老师你好,问题2中的警告是在溶剂化操作出现的,忽略警告是否会在体系模拟中存在问题,或者有没有解决办法;
问题3是在按照正常模拟和分析步骤下进行,在提取轨迹时没有观察到添加的离子的存在,之前按照相同流程分析其他蛋白质,提取的轨迹有离子存在;
问题4我想问问一次性跑完与分开续跑是否会影响结果;
问题5我也看过sob老师的贴子,但是对于模拟出的结果,似乎波动较小,但最后模拟帧却又上抬的趋势,因此比较困惑,而且有一张图片中间出现较大波动,都是同一条件下模拟的,为什么会有较大差异.如果体系不平衡时,能否继续分析其他指标,如RMSF等;
问题6时对于结果生成的RMSD和RMSF图,是否有必要为了美化而进行平滑处理。还有对于蛋白质模拟,似乎amber力场用的较多,便想问问目前主流的模拟哪个较为准确?谢谢!
student0618 发表于 Post on 2025-3-15 15:04:24
本帖最后由 student0618 于 2025-3-15 15:05 编辑

首先,问问题时最好给你用的完整指令、gmx 版本、提供的讯息越多越好,方便排查。

1 是正常吧
2 问的时候最好说一下你在做什麽
3 没完整指令、mdp文件、重现“问题” 的完整部骤很难说
4 就算是同一system size,不同类型、不同目的也不能一概而论。同是300 residues, 模拟allostery或者folding或是ligand interaction,需时定然不同。
5 查看轨迹,也建议参考sob老师的帖“谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 27122&fromuid=64740
6 a. 先了解一下RMSD RMSF这些是什么。
6 b. “蛋白质模拟” 有很多种,问的时候要更specific。disorder protein、 folded protein、 peptide aggregation、protein folding等不同目的、不同类别建议用的力场都可能不同。

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