|
发布时间: 2025-3-16 21:39
正文摘要:我想用cp2k 模拟元胡的生物碱在太赫兹波段的吸收峰，下载了其中一种生物碱，把格式转化成inp 形式的，但是运行起来老是报错，在此之前我用gpt帮我生成了一个小的测试文件，可以正常运行输出，但是后面改了一些东西就 ... |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-17 18:28 我是采集的元胡粉末的太赫兹光谱，需要元胡生物碱的周期性的分子晶体，我上传的数据是在pubchem上面直接下载的，接下来我去找找高质量的晶体结构，太感谢您了！ |
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-3-17 21:19 编辑 Lvv 发表于 2025-3-17 17:20 所以你要研究的生物碱是什么状态的：一个或多个分子形成的孤立团簇（包括在气相或者溶液中），还是周期性的分子晶体？二者的结构获取方式、计算所用软件都明显不同，而且最终得到的光谱也有明显定性差别（编辑：参考http://bbs.keinsci.com/thread-40227-1-1.html）。现在这种操作最多能提示单个分子长什么样（而且需要从平面转化为合理的立体结构，还不如自行拿GaussView、Avogadro等建模的方便），不能得到真实晶体中分子堆积接触的样子。 CP2K适合计算后者，但前提是能找到高质量的晶体结构，注意检查是否有分数占据/晶体学无序（包括结晶水等其他分子），以及考虑生物碱可能做成盐酸盐等形式才有较好结晶度的问题。 |
sobereva 发表于 2025-3-17 12:22 好的，感谢您的回复，接下来我去系统学习一下，非常感谢 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-16 21:50 好的，非常感谢，因为是第一次操作，有很多不懂，多数都是询问的gpt, 我接下来好好学习。这个xyz文件是我把下载的sdf文件转换的，后面又转换成inp的 |
|
别乱找地方发帖，CP2K的问题发到分子模拟版块做什么。这次给你移动了，以后注意！ 通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）正经八百学一遍比什么都强，自然就知道怎么正确、有效地计算了，THz光谱的计算在培训里都有很详细的实际例子。CP2K可绝不是随便拿AI靠问答就能上手的程序，CP2K是自学难度最大的程序，几乎没有之一。 |
|
这个CP2K输入文件过于简略了。生成式人工智能的训练语料集/搜索数据库多半不包含完整合理的输入文件示例，不宜作为入门参考，详见http://sobereva.com/355的最后一段。正规的CP2K输入文件可以按http://sobereva.com/587产生。 现在论坛页面上方红色大字正在宣传CP2K培训班呢，所讲内容之一刚好就是无水草酸太赫兹光谱计算，推荐报名学习哦 编辑：这个多帧xyz文件是哪里来的，没发现不仅没包含晶胞参数信息，而且所有结构的原子全在z=0的平面上而完全不符合有机化学的立体结构么…… |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-14 04:15 , Processed in 0.156319 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites