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Gaussian 16计算分子单点能无法正常结束如何解决?

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发布时间: 2025-3-17 14:30

正文摘要:

老师们好,我要计算的是多肽小分子,小分子的结构文件是mol2,然后使用Gaussianview保存成com格式,下面是我的com文件的开头

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北大-陶豫 发表于 Post on 2025-3-19 08:57:41
我看了你1楼附件里的输入文件。电荷和多重度没有问题,这是一个肽,一个氨基和一个胍基带正电,两个羧基带负电,所以电荷和自旋多重度 0 1 没问题。
我觉得主要问题是内存太抠了,这个肽有 94 个原子却只给 4 GB,很离谱,内存建议有多少给多少。
另外还有 2 个问题:
(1)原子坐标后面的 connectivity 建议删掉。
(2)计算时确定不加溶剂(如水)吗?
tonganlhy 发表于 Post on 2025-3-18 22:35:24
你的输入文件可能没贴全。图上部分氢的个数是偶数,但是氮的个数是奇数,这不可能是电中性的。
建议上传gjf或者com文件大家看一下。
12313 发表于 Post on 2025-3-17 20:32:04
zjxitcc 发表于 2025-3-17 14:37
(1)体系电荷似乎不太对,看起来不像是电中性的,建议立即检查或找实验室同学/导师讨论。
(2)16核搭配6 ...

内存改写成了62GB,还是不能计算成功。而且电中性确认过了,电荷数确实为0
sobereva 发表于 Post on 2025-3-17 15:07:18
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
看“(9)Gaussian任务没有报错,但是却莫名其妙停了怎么办?”部分
zjxitcc 发表于 Post on 2025-3-17 14:37:03
(1)体系电荷似乎不太对,看起来不像是电中性的,建议立即检查或找实验室同学/导师讨论。
(2)16核搭配64GB内存为宜,只给4GB过于抠门。在确保该计算节点内存够用的情况下,应该把内存往大了写。

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