laide 发表于 2022-1-18 10:39
好像那些支持共价对接的软件都是一些有机小分子化合物和蛋白共价对接的，金属离子也能适用么，大佬

和这个不是一码事

sobereva 发表于 2022-1-18 09:48
目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较 ...

好像那些支持共价对接的软件都是一些有机小分子化合物和蛋白共价对接的，金属离子也能适用么，大佬

sobereva 发表于 2022-1-18 09:48
目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较 ...

感谢社长

wzkchem5 发表于 2022-1-18 03:51
可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合 ...

感谢大佬

wzkchem5 发表于 2022-1-18 03:51
可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合 ...

目前也有不少程序支持共价对接，J. Chem. Inf. Model., 58, 1441 (2018)有对比测试。不过适用的范畴比较有限，考虑得比较多的是配体的显正电性的原子与半胱氨酸上的硫原子成键。

laide 发表于 2022-1-17 15:16
想在楼主贴下问一下大佬们，那如果金属离子与结合位点形成的是共价结合，还可以用量化的方法吗，对接的方法 ...

可以（且一般必须）用量化方法。而且相互作用的共价性越强，对接就越不适用，纯粹的非共价相互作用最适合对接，共价键最不适合对接，配位键介于两者之间

想在楼主贴下问一下大佬们，那如果金属离子与结合位点形成的是共价结合，还可以用量化的方法吗，对接的方法可以吗？

abdoman 发表于 2017-3-6 14:33
看你是如何并行了。http://exxactcorp.com/blog/exploring-the-complexities-of-pcie-connectivity-and-pee ...

努力去理解您说的，谢谢

sobereva 发表于 2017-3-6 14:33
autodock主要是用于把小分子对接到受体
铜离子这么对接不合适，autodock的打分函数也没有对应这种情况的。 ...

非常感谢您的回答感觉有这个论坛真好，爱心

autodock主要是用于把小分子对接到受体
铜离子这么对接不合适，autodock的打分函数也没有对应这种情况的。
如果想考察铜离子结合在哪里比较稳定，应该把铜离子放到可能结合的位置附近用量化方法优化，看结合到哪里自由能最低

看你是如何并行了。http://exxactcorp.com/blog/explo ... peer-communication/

一般是单gpu 跑单轨迹。
I/O 如果不是太频繁，我个人认为cpu 关系不大。