| 解决了，果然是因为固体表面的极性导致PMF一直往上升的问题，通过对称固体消除极性，PMF 有平台期了。 |
scu_GuoPeng 发表于 2025-4-9 17:00 谢谢提醒。我同时做了两个体系，一个是上下两个高岭石，羟基面对硅氧烷表面，一个是羟基面对羟基面，我就想看看哪个体系可以跑出平台期 |
znjnancy 发表于 2025-4-9 10:28 上下两面高岭石的放置必须羟基面对羟基面 |
scu_GuoPeng 发表于 2025-4-8 20:05 认真看了这篇EST的文章，发现他只是一句话带过，没有展示模拟体系的快照图。难道就是在z方向的上下两面放了高岭石，中间充满水，然后再跑PMF吗？我试试他的方法看看是否可行 |
| Molecular Dynamics Simulations of Uranyl and Uranyl Carbonate Adsorption at Aluminosilicate Surfaces 这是文章 |
scu_GuoPeng 发表于 2025-4-8 16:44 我做的就是高岭石的固体表面，你可以分享一下你说的建立一个相对的固体表面消除极性的方法吗？我在想如何消除固体表面的极性呢？ |
| 像这样 |
Snipaste_2025-04-08_16-43-50.png (891.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)
| 我现在做的体系也是一面羟基表面，出现这种PMF一直上升的问题。我看别人的办法是建立一个相对的固体表面消除极性，然后再跑PMF。 |
scu_GuoPeng 发表于 2025-4-7 16:54 我的固体表面有一定的极性，其中一面是羟基表面。如果确实是因为固体表面的极性导致PMF一直直线上升的话，我该取哪一段作为△G呢？ 我一共七个体系，同样的固体表面，不同质子化电荷状态的多肽去吸附，只有电荷为中性的多肽能跑出来PMF是有平台期的，其他体系全部都是PMF一直直线上升。我不知道该怎么判断哪个体系的吸附自由能高，哪个体系的吸附自由能低了 |
| 如果你的固体表面有极性的话，会生成无限大平行板电容器，PMF跑出来会呈直线上升。 |
海棠依旧cdut 发表于 2025-3-19 22:24 可能是，我第二次不牵拉直接采样的profile.xvg没有数值，全是nan，我先把窗口补齐再看结果 |
| 我觉得你首先应该先解决采样不均匀的问题，说不定你采样均匀了问题就迎刃而解了 |
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