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周期的三维结构在下方box中放水水填不满怎么办

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发布时间: 2025-3-19 18:03

正文摘要:

我想利用毛细现象在我的三维碳结构下填充一个8nm的水层(多孔碳结构z=7.5)然后把水吸上去,但是使用gmx solvate  -cp out.gro  -cs tip4p.gro -o conf.gro 指令的时候发现水填不满下方的的盒子 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-3-20 16:23:50
潇潇的kk 发表于 2025-3-20 15:33
好的老师,我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了,但是现在这样水分子毛细不上去了,就是在原有水层运 ...

检查密度,是不是密度太低,因而压力太小
潇潇的kk 发表于 Post on 2025-3-20 15:33:41
sobereva 发表于 2025-3-20 04:19
合并之后记得改gro文件里的原子数

好的老师,我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了,但是现在这样水分子毛细不上去了,就是在原有水层运动。是我结构的问题吗?使用gmx solvate 添加的水分子在同样的条件下很快就上去了
sobereva 发表于 Post on 2025-3-20 04:19:45
潇潇的kk 发表于 2025-3-19 21:43
感谢老师,老师能不能介绍一下第一种的操作?我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是 ...

合并之后记得改gro文件里的原子数
潇潇的kk 发表于 Post on 2025-3-19 21:43:24
sobereva 发表于 2025-3-19 18:10
方法1 先做个纯水盒子,再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules

感谢老师,老师能不能介绍一下第一种的操作?我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是放在VMD之后显示不出来很苦恼
sobereva 发表于 Post on 2025-3-19 18:10:53
方法1 先做个纯水盒子,再放三维碳结构到上头
方法2 用packmol或gmx insert-molecules

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