潇潇的kk 发表于 2025-3-20 15:33 检查密度,是不是密度太低,因而压力太小 |
sobereva 发表于 2025-3-20 04:19 好的老师,我已经修改这个问题。现在MD已经跑起来了,但是现在这样水分子毛细不上去了,就是在原有水层运动。是我结构的问题吗?使用gmx solvate 添加的水分子在同样的条件下很快就上去了 |
潇潇的kk 发表于 2025-3-19 21:43 合并之后记得改gro文件里的原子数 |
sobereva 发表于 2025-3-19 18:10 感谢老师,老师能不能介绍一下第一种的操作?我今天晚上尝试合并充满纯水盒子和三维碳结构的gro文件但是放在VMD之后显示不出来很苦恼 |
方法1 先做个纯水盒子,再放三维碳结构到上头 方法2 用packmol或gmx insert-molecules |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-13 21:28 , Processed in 0.327688 second(s), 25 queries , Gzip On.