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多粘菌素E甲磺酸盐的水相结构及RESP电荷计算的问题

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T0ma

发布时间: 2025-3-20 10:26

正文摘要:

请问各位老师，我需要得到一个甲磺酸盐化脂肽（多粘菌素E甲磺酸盐）的水相稳定结构，pdb数据库中只有该脂肽（未甲磺酸修饰）和一种大蛋白配对的结构。我从该文件中提取了脂肽部分，因为不是标准的蛋白质结构，不能直 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-3-20 15:10:36

T0ma 发表于 2025-3-20 13:28
好的，谢谢社长。请问波函数文件也用半经验级别吗？还是要用B3LYP之类的泛函？

B3LYP

T0ma 发表于 Post on 2025-3-20 13:28:23

sobereva 发表于 2025-3-20 12:47
1 始终说原子数别说分子量。用半经验级别如PM6-D3H4、GFN2-xTB粗略优化一下就够了，几分钟以内完事
2 Mult ...

好的，谢谢社长。请问波函数文件也用半经验级别吗？还是要用B3LYP之类的泛函？

sobereva 发表于 Post on 2025-3-20 12:47:16

1 始终说原子数别说分子量。用半经验级别如PM6-D3H4、GFN2-xTB粗略优化一下就够了，几分钟以内完事
2 Multiwfn没有创建拓扑文件的功能，那是sobtop的事。可以用ORCA产生波函数文件然后给Multiwfn算RESP电荷。你说的做法可以，届时Multiwfn算RESP电荷时，已经有原子电荷的原子的电荷约束保持不变

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