是不是油相和小分子一起向z方向移动了,z绝对坐标完美移动,小分子和油相绝对坐标只是小范围波动。 也就是周期性和相对位置的问题,例如是三轴都是周期性,跑的时候整个体系的绝对坐标如图2下一样都在向z方向移动,只不过因为vmd等软件显示的时候以第0帧为基准,显示的是相对运动,如图2上的情况。 先解决这个问题,然后第二步采样的时候每个采样窗口调整k,令它在每个窗口都固定好,做到比较均匀的采样。 |
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