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油水两相界面,拉伸分子动力学模拟和采样相关问题

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发布时间: 2025-3-21 17:03

正文摘要:

模拟体系为油水两相界面,先经过NPT之后使得油相中活性分子吸附在界面,然后把界面吸附的一个活性分子拉下来,参数设置如下: 请问这个采样思路是否合理?有些部分并没有采样,但是有些地方又被多次采样为什 ...

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Graphite 发表于 Post on 2025-3-21 17:38:18
是不是油相和小分子一起向z方向移动了,z绝对坐标完美移动,小分子和油相绝对坐标只是小范围波动。
也就是周期性和相对位置的问题,例如是三轴都是周期性,跑的时候整个体系的绝对坐标如图2下一样都在向z方向移动,只不过因为vmd等软件显示的时候以第0帧为基准,显示的是相对运动,如图2上的情况。
先解决这个问题,然后第二步采样的时候每个采样窗口调整k,令它在每个窗口都固定好,做到比较均匀的采样。

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