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求助：LAMMPS中data文件的信息如何由chagre转换为full

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hjz_ncepu

发布时间: 2025-3-21 20:12

正文摘要:

请问，如何将data文件中的原子charge信息改为full类型呢？在晶体结构网站下载了锐钛矿二氧化钛的CIF文件，然后用MS打开，进行001晶面切胞后，然后进行扩胞，导出pdb文件，然后再用atomsk将pdb文件转成data文件，dat ...

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PLwang 发表于 Post on 2025-3-24 12:48:06

hjz_ncepu 发表于 2025-3-22 19:12
请问一下，ltemplify.sh，您这个输入脚本，是在moltemplate中将data格式转换为lt格式吗？我不太明白这个 ...

是，moltemplate搭建你的data文件时，你需要先把你原本的data文件转化成lt文件，这个脚本可以实现这个功能。你可以阅读一下这个脚本对应的README文档

hjz_ncepu 发表于 Post on 2025-3-22 19:12:00

PLwang 发表于 2025-3-21 22:12

请问一下，ltemplify.sh，您这个输入脚本，是在moltemplate中将data格式转换为lt格式吗？我不太明白这个是什么意思

hjz_ncepu 发表于 Post on 2025-3-22 18:42:08

PLwang 发表于 2025-3-21 22:12

好的，谢谢您，我试试

xyan11 发表于 Post on 2025-3-22 13:15:50

本帖最后由 xyan11 于 2025-3-23 05:45 编辑

有个简单无脑的方法下载个ovito免费版把charge格式的lammps data文件拖进去然后导出lammps data文件会提示选择格式选full 然后导出

不太了解MA势是什么有全称嘛？

PLwang 发表于 Post on 2025-3-21 22:12:08

https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom
我的习惯是，使用此工具快速生成data文件，随后使用ltemplify.sh将data文件转化为lt文件，最后使用moltemplate搭建需要的结构。
另外，sobtop （http://sobereva.com/soft/Sobtop）也是一个很推荐的工具。你可以使用其先生成可用于GROMACS的输入文件，随后使用Intermol、gro2lmp之类的程序，将其转化为lmp的data文件。

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