naonao5205 发表于 2025-3-27 18:42
考虑把xtb.sh的xtb命令全部改成绝对路径？
我用slurm提交的是要写绝对路径，不知道pbs是不是也要这样
...

谢谢各位的指导，我重新尝试了在：extdri , genxyz , xtb.sh 都使用chmod +x 添加了可执行权限后，目前已经可以正常进行过渡态的联用计算了。谢谢大家

失活催化剂 发表于 2025-3-27 17:05
我尝试了您说的给“xtb.sh”添加上可执行权限，但是它依然会报“Failed to open output file from extern ...

考虑把xtb.sh的xtb命令全部改成绝对路径？
我用slurm提交的是要写绝对路径，不知道pbs是不是也要这样
因为看起来output里面只有echo的信息，没有执行xtb，可能是xtb找不到。

ziyonchen2 发表于 2025-3-27 13:13
不知道实验有没有用uv/vis激发。这种diarylethene的光化学也许要考虑激发态与基态的交叉。

实验上做过单个分子的激发，也已经计算过单分子激发态的有关计算，但是由于套环后分子太大了，就没做过套环的激发态相关的计算

不知道实验有没有用uv/vis激发。这种diarylethene的光化学也许要考虑激发态与基态的交叉。

检查脚本是否有运行权限。如果没有，用chmod命令给执行权限。
确保xTB本身可以正确被调用。

这是要找什么过渡态呢，C4-C2-C10-C9-C12-C11的电环化开/关环？如果C25和C24接的两串长基团不参与反应，不如直接简化成氢然后对剩下的小体系直接在Gaussian里用DFT搜过渡态，找到之后再把基团接上去找实际体系的过渡态，省得折腾外部脚本。