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对于中等大体系原子初始结构的设置以及几何优化容易不收敛?

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发布时间: 2025-3-29 13:34

正文摘要:

       对于中等大体系原子,在建模时,无论是用gaussview还是ms建模,我们一般要么就根据结构式进行建模,或者从网站上直接找到相应的结构或者类似的结构进行修改,一般我们建好之后就会先clea ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-10 00:30:46
被科研狠狠摩擦 发表于 2025-4-10 00:10
好的,老师,这里我有一个问题,就比如说冠醚或者一些柔性体系与金属离子配位,直接算气相条件下的复合物 ...

隐式溶剂模型不会对冠醚的极小点结构造成什么影响
被科研狠狠摩擦 发表于 Post on 2025-4-10 00:10:14
sobereva 发表于 2025-3-29 23:19
看以下网页了解柔性分子的构象的概念、构象搜索的意义
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsc ...

好的,老师,这里我有一个问题,就比如说冠醚或者一些柔性体系与金属离子配位,直接算气相条件下的复合物的结合能的话,与实际情况相差甚远,无法发现其规律,可能是骨架发生比较大的形变,导致每一步算出来的结合能没有多大对比意义。我想可能冠醚会受溶剂化的影响,那么我在几何优化时就要去考虑溶剂化的影响吗,算结合能的时候也去考虑溶剂化模型。
被科研狠狠摩擦 发表于 Post on 2025-4-10 00:03:57
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-29 13:59
第一张图的模型根本没体现PEO与Li+的配位,对称性也只是误导。建议补习无机配位化学、碱金属元素化学知识, ...

谢谢老师,那么我怎样体现PEO跟金属离子配位比较合理呢,大概放在一个什么位置,我看有的文献中可能用到的是PEO比较短的链,然后金属离子放在氧原子下方。
sobereva 发表于 Post on 2025-3-29 23:19:45
看以下网页了解柔性分子的构象的概念、构象搜索的意义
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-3-29 13:59:17
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-3-29 14:00 编辑

第一张图的模型根本没体现PEO与Li+的配位,对称性也只是误导。建议补习无机配位化学、碱金属元素化学知识,参考有机化学对冠醚的介绍自然知道如何适当建模、判断优化结果的合理性。此外也必须了解构象搜索的概念以及对此类柔性体系的重要性。

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