计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

使用CP2K过程中常用的可视化工具

查看数: 4605 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 17
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2025-4-1 00:04

正文摘要:

使用CP2K过程中常用的可视化工具 文/Sobereva@北京科音   2025-Mar-31 0 前言 使用计算化学程序过程中普遍离不开可视化问题,对如今已经非常流行、十分强大、巨快、开源免费的第一性原理程序CP2K自 ...

回复 Reply

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-4-1 11:19:25
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-8-3 01:36 编辑

补充一点信息,目前文中提到的软件里GaussView、Chemcraft收费(但应该比不过某工作室),OVITO有免费版也有收费的Pro版,其他如multiwfn、VMD、VESTA、Avogadro、JMol/JSmol等皆免费。如果已经购买有gv或者M$等软件的许可的话用就用了,没买的话把几个免费软件用熟练了也能满足很大部分需求。还有兴趣的话同样免费的ChimeraX、CYLview和IQmol也可以看一看,不过这些更多面向小分子和生物分子之类。

说实话VESTA有种被低估的感觉,实际上如http://bbs.keinsci.com/thread-26432-1-1.html分享的教程所示其功能挺丰富的。在周期性体系建模上,VESTA有个很重要的功能是根据自定义变换矩阵来修改晶格矢量(gview似乎直到6.1.1都尚未直接支持?),之前我这帖有个简单用例。

编辑:之前说了一句“还不够就再加上packmol、atomsk甚至vaspkit等”,不过这些更多是建模工具,有点偏题了……如果扩展到所有CP2K相关工具的话,官方的https://www.cp2k.org/tools页面也有列举。会写python代码的可以看看ase(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/about.html)、ash(https://ash.readthedocs.io/en/latest/About.html)和pymatgen库,不过python生态之多样难以尽数。同样基于python生态的还有DockOnSurf、ABCluster、molSimplify等。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
永远的-CNE + 1

查看全部评分 View all ratings

Stardust0831 发表于 Post on 2025-4-1 00:30:13
首先,感谢社长非常伟大的工作!吾辈楷模!

我有两个cp2k可视化的需求遇到了瓶颈,可能要麻烦社长再指点一二:
1.如何可视化部分的电荷密度,定义可参考:https://mcresearch.github.io/abacus-user-guide/abacus-chg.html
2.如何使用cp2k计算并可视化LDOS,对应手册里的这些部分:
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... RINT/PDOS/LDOS.html
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... NT/PDOS/R_LDOS.html

感激不尽!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 09:55 , Processed in 0.861587 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list