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| 结尾处的“对晶体表面静电势的可视化”部分有一个要点。未使用MT时可能会遇到中性体系的ESP为全正or全负,原因是hartree势的零点选取有任意性。此时应当手动将真空层的hartree移动到零(可以用multiwfn算真空层的平面平均hartree,再用格点数据运算功能对所有点的数值都减去该值),或者在slab不很厚的情况下,直接开二维周期性并用MT。 |
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本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-1-20 13:35 编辑 补充一点信息,目前文中提到的软件里GaussView、Chemcraft收费(但应该比不过某工作室),OVITO有免费版也有收费的Pro版,其他如multiwfn、VMD、VESTA、Avogadro、JMol/JSmol等皆免费。如果已经购买有gv或者M$等软件的许可的话用就用了,没买的话把几个免费软件用熟练了也能满足很大部分需求。还有兴趣的话同样免费的ChimeraX(记得添加SEQCROW插件)、CYLview、IQmol也可以看一看,不过这些更多面向小分子和生物分子之类,和周期性体系建模关系不大。 说实话VESTA有种被低估的感觉,实际上如论坛里其他人分享的教程所示其功能挺丰富的。在周期性体系建模上,VESTA有个很重要的功能是根据自定义变换矩阵来修改晶格矢量(gview似乎直到6.1.1都尚未直接支持),我在论坛分享过使用例,包括这帖讨论的单斜晶格的正交化,这帖讨论的同时切面与正交化,这帖讨论的适应六方晶体特定晶面的变换。 编辑:之前说了一句“还不够就再加上packmol、atomsk甚至vaspkit等”,不过这些更多是建模工具,有点偏题了。如果扩展到所有CP2K相关工具的话,官方的https://www.cp2k.org/tools页面也有列举。会写python代码的可以看看ase(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/about.html)、ash(https://ash.readthedocs.io/en/latest/About.html)和pymatgen库,不过python生态之多样难以尽数。同样基于python生态的还有DockOnSurf、ABCluster、molSimplify等。道听途说有人写了个cp2kdata库解析输出文件,没有用过,仅供参考。 编辑2:在stackexchange一个问答帖里还列举了更多可视化软件,有个windows端的iRASPA值得试试。以及http://bbs.keinsci.com/thread-19179-1-1.html也提了一些。 编辑3:2026年1月,CP2K的开发组发了篇新JPCB文章,叫做The CP2K Program Package Made Simple, DOI: 10.1021/acs.jpcb.5c05851,也有一些与CP2K相关的资源总结。 |
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首先,感谢社长非常伟大的工作!吾辈楷模!![]() 我有两个cp2k可视化的需求遇到了瓶颈,可能要麻烦社长再指点一二: 1.如何可视化部分的电荷密度,定义可参考:https://mcresearch.github.io/abacus-user-guide/abacus-chg.html 2.如何使用cp2k计算并可视化LDOS,对应手册里的这些部分: https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... RINT/PDOS/LDOS.html https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... NT/PDOS/R_LDOS.html 感激不尽! |
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