求助：GMX+Metadynamics计算小分子穿膜能垒的plumed设置

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发布时间: 2025-4-3 10:13

大家好，我想通过增强采样方法研究小分子穿越溶液表面两亲分子膜的能垒。在plumed输入文件中，我将小分子的质心z坐标(pz)定义为CV (collective variable), 但是不知道是否需要固定住其质心的x,y坐标。下 ...

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含光君 发表于 Post on 2025-4-6 15:03:45

Acee 发表于 2025-4-5 14:41
plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件

哦哦好，谢谢大佬！

Acee 发表于 Post on 2025-4-5 14:41:58

plumed慢的头发昏, 不如gmx原生pull code或者colvars插件

含光君 发表于 Post on 2025-4-3 14:05:34

本帖最后由含光君于 2025-4-3 16:50 编辑

student0618 发表于 2025-4-3 13:32
在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull co ...

谢谢！

这里您指的是跑多个PMF比较不同区域过膜的能垒，最后取个平均嘛？

以及，不带plumed大概可以快多少呢？

student0618 发表于 Post on 2025-4-3 13:32:33

在膜的不同位置umbrella sampling 再比较能垒是否很大差别的话，不是更有效率吗？还可以用gmx自带的pull code比plumed跑得快。

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