平衡相npt模拟，密度一直上升，是否应放弃用其做平衡标准，对后续产生相是否影响？

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发布时间: 2025-4-6 12:49

本帖最后由 jxin 于 2025-4-6 12:59 编辑老师好，我想要模拟有机小分子和重复单元为136的聚乙二醇6000，经过升温，保温，降温得到固体分散体的过程。目前我的步骤是： 1.获得单分子mol2，pdb文件，利用sobtop ...

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jxin 发表于 Post on 2025-4-7 00:12:55

student0618 发表于 2025-4-6 17:32
这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。

十分感谢，因为之前只做了200ps，密度上升，后来加时间做了2ns的，密度实现了平衡，再做了一次小分子不同个数的，就又达不到效果了。

student0618 发表于 Post on 2025-4-6 17:32:42

本帖最后由 student0618 于 2025-4-6 18:42 编辑

这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。

jxin 发表于 Post on 2025-4-6 16:54:31

Seyilaxa 发表于 2025-4-6 15:36
周围有这么大的真空区，在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小，体现出来就是密度不断增大，不一定说明有问题

感谢指导

Seyilaxa 发表于 Post on 2025-4-6 15:36:24

周围有这么大的真空区，在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小，体现出来就是密度不断增大，不一定说明有问题

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