1. Z轴盒子尺寸太小, 体系再做周期性检测时报错, 确保Z轴超过你反应坐标距离的2倍.
2. 使用direction-periodic, 就只能用nvt

推荐用colvars, 而不是gromacs原生的pull code.
优势:
1. 开源免费, 支持gromacs, namd, lammps
2. 计算速度快, 最新版中cv计算已经移植到gpu中, 计算速度显著提升, 即将发布.
3. cv设置灵活, 可进行非常个性化的分析

报错有显示，direction-periodic与NPT不兼容，我自己做US的时候也报错，把控压部分（改变盒子尺寸）删除就能正常运行。