计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 想固定异质结构原子加快计算求助

想固定异质结构原子加快计算求助

查看数: 497 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

pendft

发布时间: 2025-4-9 08:53

正文摘要:

想着固定异质结构模型中的部分原子，以加快计算速度，使用了material studio软件中---modify---constrain中的固定原子功能；如图，其中有两个选项，一个是fix cartesain position(固定笛卡尔坐标)，另一个是fix ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-4-9 22:45:33

M$相关的问题不要at我，我极其鄙视M$、拒绝使用和回答一切相关问题。M$是我眼里又贵又弱又慢又不灵活的代名词

pendft 发表于 Post on 2025-4-9 19:32:12

本帖最后由 pendft 于 2025-4-9 20:13 编辑

含光君发表于 2025-4-9 17:12
你所有计算里都是只固定了下半部分的原子吗，以及你3楼给的截图里边是只固定了笛卡尔坐标的结果吗？

...

是的，红框是整个异质结构的下半部分（一种材料），可以看到框选了这种材料的全部原子，constraint选项框里只有笛卡尔坐标固定是有勾选的，但是可以看到固定的原子是有移动的，这个选项框把上面一种材料挡住了；

就是2种不同的材料构成了异质界面，然后固定了其中一种材料的全部原子

含光君 发表于 Post on 2025-4-9 17:12:51

pendft 发表于 2025-4-9 15:56
是的，这个还只是优化了没几步，我看原子坐标改变了，我就关闭计算任务了，笛卡尔坐标和分数坐标同时固定 ...

你所有计算里都是只固定了下半部分的原子吗，以及你3楼给的截图里边是只固定了笛卡尔坐标的结果吗？

如果是这么看确实是下半部分没动上半部分动了呀

pendft 发表于 Post on 2025-4-9 15:56:32

含光君发表于 2025-4-9 15:21
我之前使用时确实没遇到过这种情况，看起来下面两排原子时固定住的但是上面三排动了是嘛？

是的，这个还只是优化了没几步，我看原子坐标改变了，我就关闭计算任务了，笛卡尔坐标和分数坐标同时固定，是可以的，但是收敛比不固定还慢一点，但是只对整体结构的下半部分进行了固定

含光君 发表于 Post on 2025-4-9 15:21:26

pendft 发表于 2025-4-9 13:01
感谢回复，对于第一个问题中可能开启了晶胞优化，如图，应该是没有勾选“cell optimize”选项，但是图中 ...

我之前使用时确实没遇到过这种情况，看起来下面两排原子时固定住的但是上面三排动了是嘛？

含光君 发表于 Post on 2025-4-9 10:02:07

固定原子并不能“加快计算”，不能减少SCF计算量和收敛速度，只是在一步几何优化完毕之后判断原子受力时跳过被固定的原子，从而有可能使受力更快达到收敛。

对于问题1，可能同时开了晶胞参数优化，故只固定笛卡尔坐标使得原子坐标看起来发生变化
对于问题2，这么做在初始结构不合理情况下也会导致电子组态诡异，SCF收敛慢，几何优化中难以找到能量极小点等等，这个要结合实际去看

想要提高计算效率，建议不要一上来就拿一个很高精度算，比如可以考虑先用较低精度（如xTB）预优化，然后仅固定z坐标优化，最后放开所有原子优化

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register