Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 13:46 您好，谢谢您的解答，我去了解一下分子动力学模拟的相关内容，必要的话报一个科音的Gromacs培训班，感谢。 |
realcheryl 发表于 2025-4-10 13:19 好家伙，三个柔性聚合物在溶液中结合竞争的动态过程，特别是还涉及蛋白质/多肽这种生物分子，又只需要定性判断结合难易而不要求定量精度，那毫无疑问直接上经典力场做分子动力学模拟了。 这方面DFT静态计算能做到的参考http://sobereva.com/597这篇，但我感觉并不适合你这么大的体系，而且建模更复杂了…… |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 11:45 您好，另一种阴离子是改性后带负电荷的蛋白质分子，也是聚合物，课题最初理想设定是PEDOT和PSS通过离子间的静电相互作用结合，通过引入另外一种阴离子来与PEDOT结合有更大的结合能，从而把PSS排除掉。现在想通过计算比较两者的结合能大小或者模拟该过程验证。 目前想先算出PEDOT和PSS之间的结合能以及PEDOT和负电蛋白质之间的结合能验证实验的可行性，我是跨专业过来的所以很多化学知识不懂，但是老师催得很急想要我先用计算验证这个方案的可行性，所以显得较为急功近利一些。 麻烦请问一下您，为了验证方案的可行性，对比两个体系中阴阳离子之间的结合能大小，这个方法可行吗？ |
realcheryl 发表于 2025-4-10 10:29 “另一种阴离子”是小尺寸的分子还是像PSS那样的聚合物，有没有类似PEDOT和PSS那样的柔性多构象问题，和PEDOT之间靠什么结合？ 拿关键词“PEDOT PSS molecular dynamics”去搜一搜还是能找到不少文献的，比如这篇和这篇，就是前面说到的经典力场跑分子动力学模拟的例子，这种研究方法可以直接在稍大些的时空尺度下考虑到构象、溶剂、温度等等复杂现实因素对结合的影响，动态观察如PEDOT:PSS中的PSS与“另一个阴离子”交换的过程，获得除结合能之外更多与结合过程相关的统计量来说明结合的趋势。科音也有个分子动力学培训班方便入门。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-9 23:16 谢谢您的回答，课题组目前只有我一个人涉及这个体系，我需要的性质是这两个聚合物之间的结合能是多少，实验中会加入另一种阴离子物质，然后再计算新加入的这个物质和原来的阳离子之间的结合能，定性分析两个结合能之间的大小来推断和验证实验结论，请问只需要定性分析大小而不具体关注计算数值的话聚合度的选择会影响最终对比结果吗 |
sobereva 发表于 2025-4-9 22:54 谢谢社长，我再仔细把初级班的讲义看看，之前囫囵听了一遍音频还有很多地方不了解就着急开始计算，确实有很多漏洞 |
realcheryl 发表于 2025-4-9 22:00 这么重要的大前提为什么不在1楼就早点说呢，建模都不能反映真实体系的话后面的讨论也失去意义了啊。 聚合物要讲聚合度的，这个指标直接决定分子大小和现实计算能选用的方法：低聚合度的几十个、一百多个原子的有机小分子还可能像现在这样做DFT计算，再往上原子数成千上万了DFT算不动得换成经典力场跑分子动力学，这两套方法的软件和操作天差地别，对不同构型和构象的处理也不尽相同。而且你想算的阴阳离子间的结合能是显然会随着聚合度升高而持续升高，不是那种能随尺寸增大而收敛到某个值的性质，称得上是extensive property和intensive property之别了。 现在你的首要任务是和同一课题的相关成员商量清楚，需要研究的聚合物体系到底有多大、关注什么性质，结合http://sobereva.com/680以及初级班讲义前五六页内容选定研究方法，然后再说具体操作的事。 |
realcheryl 发表于 2025-4-9 18:29 Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）已经是结果靠谱的构象搜索程序里使用最简单的了（那些基于粗糙的分子力场的带GUI的构象搜索程序称不上靠谱，能量相近构象的能量顺序往往都是错的，当前大多还卖得很贵）。molclus的相关教程帖子已经写得极其详细了，例子都给得极为完整，我十分不理解在有北京科音初级量子化学培训班的知识基础的前提下哪里会看不懂，molclus计算过程牵扯的单点、优化、振动分析、势能面概念、理论方法和基组的选择等等，根本没有初级班培训里没讲过的。认真阅读molclus教程后有什么不懂的在molclus教程的回帖里具体问，否则没人帮得了你。也不存在其它什么捷径。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-9 19:19 您好，我的体系就是PEDOT:PSS，我简化了模型为两三个单体，该简化方法是不正确吗？ 很抱歉我不太清楚高分子聚合物在计算时应该如何选择链的长度，我以为只是选择几个重复单元保证电荷是电中性就可以了。 GaussView的建模我基本掌握了，就是对具体的构型构象不清楚怎么找，请问一下您一般计算的时候是怎么得到一个较为完美的三维结构呢，具体过程是什么样的呢，其实我们课题组报了科音的初级班。。但是我可能基础太不好了很多东西都不是很理解。 |
阿甘 发表于 2025-4-9 19:04 您好，您的意思是说我简化该模型是可以的，但是简化之后单体的电子结构不一定收敛到基态，如果收敛到基态就可以使用该简化模型吗？请问是否可以通过扩大基组的方法来判断是否收敛。 |
realcheryl 发表于 2025-4-9 18:29 是吗……？另一篇文章确实有提到以水分散液形式购买这点，但是成分是PEDOT:PSS，阳离子和阴离子都是聚合物。1楼的结构只是两个单体构成的阴离子和三个单体构成的阳离子，这种相对较小的分子和高分子聚合物在结合成团簇、被水解和氧化等反应上差别可大了，再确认下吧。 说实话GaussView已经算是最简单的小分子建模工具了，Help菜单里的说明和教程也很详尽，有什么具体不懂 操作可以先看看再问。不过如果建模都有困难的话后面的构象搜索、DFT计算（包括楼上提到的什么收敛到基态等等）确实也谈不上，单靠论坛上的一问一答来学习还是有点慢，要不同时考虑下http://sobereva.com/355的入门方法吧。 |
| 除了理论方法要统一、PEDOT:PSS简化模型的结合能计算需要考虑构象搜索以外，还要考虑PEDOT的2+阳离子的电子结构是否收敛到了基态，PEDOT单链的(双)极化子理论研究比较成熟，可以看看相关的文献。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-9 18:12 您好，我之前调查了很多文献是关于如何把这两种物质均匀分散在水溶液中而不水解或发生其它化学反应，涉及到的方面很复杂且不属于我的课题需要的内容，所以我只是直接购买了目前市面上分散最好最稳定的分散液，就该体系而言应该是可以稳定存在不发生水解反应的。 关于您说的构型构象搜索一直困扰了我很久，一直不清楚到底在Gauss view中如何能画出相对合理的分子结构，在materials project中也找不到相对应的3D结构，请问一下您对于初学者来说是否有较为方便易上手的软件可以进行构象搜索，sob老师开发的molclus很好，但我自己的理解水平有限所以学得有一些困难，不知您是否有更易上手的方法推荐 |
realcheryl 发表于 2025-4-9 17:34 哦，查到一篇文章在制备液晶的时候用了这个叫terEDOT的结构作为前驱体，但是后面在有机溶剂里面做了电化学聚合，也没提其双正离子是否对水稳定。主要是我不知道“两个离子静电吸引所以在水溶液中能稳定分散”这个结论有什么支撑，如果把含磺酸根的离子换成别的会发生什么…… |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-15 02:18 , Processed in 0.607384 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites