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氨基硅氧烷吸附研氨气模型构建合理性求助

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YQP

发布时间: 2025-4-11 08:24

正文摘要:

本人近期在做氨基硅氧烷吸附研氨气计算结合能研究时，建模遇到问题，完成初始建模后使用molclus+xtb做构型搜索，希望能得到合理吸附模型遇到如下问题：1 为防止跑飞，xtb加上wall和cma后，起始初步优化的结构和我建 ...

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YQP 发表于 Post on 2025-4-14 06:20:58

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-11 12:33
这个体系的构象搜索不必用xtb，用gentor设置那些乙氧基的旋转也可以。当然一定用xtb的话可以给氢键相关的原 ...

非常感谢，我尝试一下

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-4-11 12:33:57

这个体系的构象搜索不必用xtb，用gentor设置那些乙氧基的旋转也可以。当然一定用xtb的话可以给氢键相关的原子键长等加限制势，而不是给整个体系加球形限制势。

如果真要用分子动力学考察特定温度下结合的稳定程度（而不是单纯的构象搜索给后续计算产生初猜结构），半经验级别还是粗糙了，建议参考http://sobereva.com/576在ORCA里用DFT来跑。

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