求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered

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发布时间: 2025-4-11 17:00

在加热的时候遇到报错，Error: an illegal memory access was encountered launching kernel kNLSkinTest 查看了能量的最小化的结果发现配体和hem的结构不对了，请问这要怎么解决

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Huschein 发表于 Post on 2026-3-11 02:58:16

amber的HEME有专门的力场一篇10年代的JCC还是什么建议用那个你这种报错一般都是结构崩溃了

student0618 发表于 Post on 2026-3-10 23:39:27

王芝甜发表于 2026-3-10 20:09
您好，您的这个问题解决了吗，我现在也遇到了同样的问题，您如果解决了，可以告诉我怎么排查的吗？

如果是用MCPB.py 建模的话，检查力场参数，尤其是金属附近的原子或是和其他原子有氢键的原子。

其他的没具体报错很难说，先检查轨迹、检查拓朴。

王芝甜 发表于 Post on 2026-3-10 20:09:02

nakanosora 发表于 2025-4-15 15:08
我不太清楚我这样描述是不是正确，清楚的：这是我用MCPB.py尝试去做带有O的heme的p450蛋白配体的amber动力 ...

您好，您的这个问题解决了吗，我现在也遇到了同样的问题，您如果解决了，可以告诉我怎么排查的吗？

sobereva 发表于 Post on 2025-4-12 01:24:58

这种极小概率是程序bug，大概率是力场参数、成键关系没弄对

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