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求助算分子间相互作用LJ-SR值偏大

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发布时间: 2025-4-12 15:54

正文摘要:

求问各位大佬,这个算两个分子间相互作用哪里出了问题,得到的LJ-SR值偏大。

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-13 01:40:54
你明明已经在http://bbs.keinsci.com/thread-52836-1-1.html问了几乎和本帖相同的问题,居然又发个帖子问一遍。极其相关问题在一个帖子里问,避免扰乱论坛秩序
horno 发表于 Post on 2025-4-12 16:24:20
Stardust0831 发表于 2025-4-12 16:12
mdp的这一段不合理
用上面那个设定跑出轨迹以后,需要改成这个以后再rerun一下:
另外,现在是组里所有分 ...

谢谢!
Stardust0831 发表于 Post on 2025-4-12 16:12:31
mdp的这一段不合理
  1. cutoff-scheme            = Verlet
  2. coulombtype              = PME
复制代码
用上面那个设定跑出轨迹以后,需要改成这个以后再rerun一下:
  1. cutoff-scheme = group
  2. coulombtype   = cutoff
复制代码
另外,现在是组里所有分子的LJ相互作用之和,而不是单个分子的。
如果需要归一到单个TA或者CNT和对方的相互作用,除以盒子里的分子数。
组间相互作用需要是LJ和coul这两种相互作用之和,LJ只是相互作用中的其中一个成分。
基于的是em的轨迹来分析相互作用那必然是不可靠的,正经至少跑个几ns的md再统计吧。

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