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如何搜寻自旋极化单重态分子的最优构象

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发布时间: 2025-4-12 17:36

正文摘要:

大家好,我需要搜寻一批自旋极化单重态分子的最优构象。 我阅读过卢天老师使用Molclus结合xTB搜寻分子构象的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html),颇受启发,想以此为基础搜寻我关注的分子。 ...

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18217265596 发表于 Post on 2025-4-14 09:56:29
穷哥们浚子 发表于 2025-4-13 19:49
从反应机理上来说,它们都是由闭壳层化合物通过热反应得到的,因此两个未成对电子的自旋方向应当相反。从 ...

嗯嗯 我好奇的点是 这样的自旋极化单重态分子的寿命 我当时在想它会不会很快转化为多重态
但既然是反应中间体 那河里
naonao5205 发表于 Post on 2025-4-14 05:45:46
18217265596 发表于 2025-4-13 16:56
你是怎么确定它是自旋极化单重态的

计算看看U R 能量、<s**2>、|Sab|,y0等都能看出来。
实验上可以用VT-EPR,SQUID
穷哥们浚子 发表于 Post on 2025-4-13 19:49:17
18217265596 发表于 2025-4-13 16:56
你是怎么确定它是自旋极化单重态的

从反应机理上来说,它们都是由闭壳层化合物通过热反应得到的,因此两个未成对电子的自旋方向应当相反。从计算化学上来说,它们的自旋多重度是1,但自旋密度却不处处为0,<S**2>的值也接近1,因此为自旋极化单重态。具体可参考卢天老师的《谈谈片段组合波函数和自旋极化单重态》(http://sobereva.com/82)一文。
18217265596 发表于 Post on 2025-4-13 16:56:37
穷哥们浚子 发表于 2025-4-13 14:46
这种分子通常不会稳定存在。它们是由环芳香化反应产生的活性中间体,我们希望研究这类活性中间体的性质。

你是怎么确定它是自旋极化单重态的
穷哥们浚子 发表于 Post on 2025-4-13 15:01:15
ArchieMiao 发表于 2025-4-13 09:09
如果需要搜索的部分不涉及到自旋极化的情况,可以单独切出来去用xtb+molclus或者gentor去寻找,然后再加上 ...

好的,我理解了,谢谢你!
sobereva 发表于 Post on 2025-4-13 14:57:23
穷哥们浚子 发表于 2025-4-13 14:55
对于这个简单的分子来说,确实没有搜寻构象的必要。但另有一些分子的结构比较复杂,还是应当搜寻最优构象 ...

这种事要事先说清楚
穷哥们浚子 发表于 Post on 2025-4-13 14:55:32
sobereva 发表于 2025-4-13 01:47
体系本来就很小,可旋转的键就一个,根本不需要调用xtb,molclus批量优化时直接上wB97XD/6-31G*就完了

对于这个简单的分子来说,确实没有搜寻构象的必要。但另有一些分子的结构比较复杂,还是应当搜寻最优构象的。
穷哥们浚子 发表于 Post on 2025-4-13 14:49:25
wzkchem5 发表于 2025-4-12 22:28
我们用过的一种方法是,通过少量benchmark计算证明该体系的自旋极化单重态和三重态的结构相近,然后用GFN2- ...

非常巧妙的思路,谢谢你!
穷哥们浚子 发表于 Post on 2025-4-13 14:46:27
18217265596 发表于 2025-4-12 21:35
你这种分子在什么情况下稳定存在?

这种分子通常不会稳定存在。它们是由环芳香化反应产生的活性中间体,我们希望研究这类活性中间体的性质。
wzkchem5 发表于 Post on 2025-4-13 10:23:22
laocuile 发表于 2025-4-13 09:40
还是按照Broken Symmetry那种方式考虑的Benchmark吗

对,broken symmetry和triplet的结果比较

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穷哥们浚子 + 5 谢谢

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laocuile 发表于 Post on 2025-4-13 09:40:25
wzkchem5 发表于 2025-4-12 22:28
我们用过的一种方法是,通过少量benchmark计算证明该体系的自旋极化单重态和三重态的结构相近,然后用GFN2- ...

还是按照Broken Symmetry那种方式考虑的Benchmark吗
ArchieMiao 发表于 Post on 2025-4-13 09:09:00
如果需要搜索的部分不涉及到自旋极化的情况,可以单独切出来去用xtb+molclus或者gentor去寻找,然后再加上去。 如果可旋转键不多,可以用gentor生成结构,然后dft优化
sobereva 发表于 Post on 2025-4-13 01:47:32
体系本来就很小,可旋转的键就一个,根本不需要调用xtb,molclus批量优化时直接上wB97XD/6-31G*就完了
wzkchem5 发表于 Post on 2025-4-12 22:28:17
我们用过的一种方法是,通过少量benchmark计算证明该体系的自旋极化单重态和三重态的结构相近,然后用GFN2-xTB搜三重态的构象,在后续DFT优化时才改用自旋极化单重态

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