如何生成原子排序一致的分子团簇PDB文件以实现批量电荷分配？

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发布时间: 2025-4-13 03:48

本帖最后由化学兔于 2025-4-13 21:10 编辑老师们好，我在使用分子力场计算外重组能时，给团簇的所有分子设定原子电荷需要使每个分子的原子排序保持一致（例如图1，indigo分子团簇中原子排序每30一循环，来自帖 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-14 02:00:08

简单方法没有
原理上，可以写程序自动依次处理团簇里每个分子，对这个分子和参考分子做RMSD叠合确定原子对应关系并重新排序，再写入到原团簇文件里

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