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超算上使用sobEDAw出现 syntax error

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发布时间: 2025-4-14 15:24

正文摘要:

各位老师好,学生在超算上使用sob老师的sobEDAw时遇到问题,如图中的红框,出现"syntax error". 1.请问这个错误影响最终结果吗?(似乎没影响) 2.为什么有这个错误

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yangjusong 发表于 Post on 5 day ago
student0618 发表于 2026-1-19 23:40
没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题),无法解答。

C:/Users/yangj/Desktop/ec8b2b198c55d26767bb7a76a308dc2f.png
yangjusong 发表于 Post on 5 day ago
student0618 发表于 2026-1-19 23:40
没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题),无法解答。

单独跑高斯没有问题。我把文件发给您看看
student0618 发表于 Post on 5 day ago
本帖最后由 student0618 于 2026-1-19 23:41 编辑
yangjusong 发表于 2026-1-19 23:35
我现在已经运行了sobeda在超算上,sob给的例子有的可以运行,有的不报错,但是高斯out文件会自己停了。任 ...

没高斯报错信息或更多相关资讯(如直接跑高斯有没有问题),无法解答。
yangjusong 发表于 Post on 5 day ago
student0618 发表于 2026-1-17 16:24
先看手册2.1节,我觉得sob老师以经写得非常、非常清楚,接近手把手教了,很少程序可以有这么详尽的手册。 ...

我现在已经运行了sobeda在超算上,sob给的例子有的可以运行,有的不报错,但是高斯out文件会自己停了。任务也就结束了。是超算的问题吗?
student0618 发表于 Post on 7 day ago
yangjusong 发表于 2026-1-17 12:37
我想请问下,如何调用multiwfn的环境啊?

先看手册2.1节,我觉得sob老师以经写得非常、非常清楚,接近手把手教了,很少程序可以有这么详尽的手册。
建议跟着去试试,遇到实际问题再提出。
yangjusong 发表于 Post on 7 day ago
student0618 发表于 2026-1-17 03:40
SLURM的话可参考我另一个回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 56612&fromuid=64740

我想请问下,如何调用multiwfn的环境啊?
student0618 发表于 Post on 7 day ago
本帖最后由 student0618 于 2026-1-17 03:53 编辑
yangjusong 发表于 2026-1-17 01:18
你好,我最近尝试用超算分解能量,但是不知道怎么写提交任务的代码,想请教下您!万分感谢!

SLURM的话可参考我另一个回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 56612&fromuid=64740

PBS可举一反三试试,不过我没测过PBS
yangjusong 发表于 Post on 7 day ago
江峰 发表于 2025-10-15 17:59
没错,我也是这种
#!/bin/bash  
#SBATCH -J sobEDA #任务名称

你好,我最近尝试用超算分解能量,但是不知道怎么写提交任务的代码,想请教下您!万分感谢!
江峰 发表于 Post on 2025-10-15 17:59:11
没错,我也是这种
#!/bin/bash  
#SBATCH -J sobEDA #任务名称
#SBATCH -N 1 #节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=32 #核心数
#SBATCH --mem=60G  #

source .../Multiwfn/3.8-Updated_on_2024_Feb_20/scripts/env.sh #激活Multiwfn环境
source .../gaussian/16-hy/scripts/env.sh  #激活Gaussian环境

bash sobEDA.sh          # 运行你的脚本


student0618 发表于 Post on 2025-10-13 22:09:06
简单的话把SLURM指令、跑Gaussian的环境变量、Multiwfn的环境变量放在sobEDA.sh #!/bin/bash 后就可以直接sbatch sobEDA.sh
江峰 发表于 Post on 2025-10-13 11:00:02
121089576 发表于 2025-9-27 20:46
您好,可以请问一下您在超算上怎么使用sobEDA吗?我只在超算上用脚本运行过Gaussian,不知道如何才能用脚本 ...

在超算上使用sobEDA已经有大佬说过了,参考http://bbs.keinsci.com/thread-47947-1-1.htmlhttp://bbs.keinsci.com/thread-42049-1-1.html
121089576 发表于 Post on 2025-9-27 20:46:45
您好,可以请问一下您在超算上怎么使用sobEDA吗?我只在超算上用脚本运行过Gaussian,不知道如何才能用脚本运行sobDEA.sh
江峰 发表于 Post on 2025-4-16 22:49:20
sobereva 发表于 2025-4-15 01:50
最终结果正常就不用管

细节原因可以自己修改脚本以输出中间变量,手动运行sobEDA.sh的最后sobEDAw部分的 ...

好的,谢谢社长
sobereva 发表于 Post on 2025-4-15 01:50:12
最终结果正常就不用管

细节原因可以自己修改脚本以输出中间变量,手动运行sobEDA.sh的最后sobEDAw部分的各个命令看是什么导致的

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