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GaussView构建环十肽求助

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本主题由 sobereva 于 2025-4-17 15:39 移动

oillio

发布时间: 2025-4-17 14:59

正文摘要:

老师们，我想用gaussview构建一个环十肽，我先搭建了一个线性十肽，但是该如何将首端N与末端的C连接在一起形成规整的环状肽呢？我也尝试过用ChemDraw绘制2D结构后复制粘贴到Chem3D中得到三维结构，但这样得出的环 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-18 05:32:08

oillio 发表于 2025-4-17 20:13
老师，我构建完线性十肽之后将首尾连接了起来，然后用了扫把工具，得到的三维结构依然混乱，甚至出现了胡 ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法
http://sobereva.com/594（http://bbs.keinsci.com/thread-22945-1-1.html）

用上文说的Avogadro先把体系掰弯，首尾近乎相接，然后再这么操作。
并且似乎你当前连的方式不对

北大-陶豫 发表于 Post on 2025-4-17 20:12:30

Chem3D 也有 MM2 优化，虽然比较玩具，但肯定比完全不优化要好

sobereva 发表于 Post on 2025-4-17 15:40:24

恰当编辑两端结构，并且把两端原子间要形成的键画出来，然后用扫把工具或者调用Gaussian通过UFF力场快速优化，环就闭合了

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