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求助：EDA-FF过程中对分子结构优化后原子类型为什么改变了

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zhangxinxin

发布时间: 2025-4-17 19:19

正文摘要:

想做化合物的EDAFF能量分解，所以需要gjf文件和out文件的原子序号和原子类型应该一致才行，我在进行了第一步结构优化后，out输出文件和我排序好的的原子序号一致，但Amber力场的原子类型不一样（CA类型变成了CM类型 ...

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slxc920113 发表于 Post on 2025-4-17 21:49:10

本帖最后由 slxc920113 于 2025-4-17 21:54 编辑

原因很简单，Amber力场参数的判断是根据键级拓扑关系，也就是各个原子之间是单键还是双键。你结构优化之后重新用GaussView打开程序会根据当前的键长重新进行键级的判断，这个对于量化是没有意义也没有影响的，但是对于力场影响很大。解决办法：你只需要手动修改一下显式的成键类型就可以了。要把CM改成CA，只需要把那个原子的成键改成共轭的芳香键。

PS：Amber力场中CM和CA的LJ参数是一样的，其实直接用CM应该也没事的。

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pal 发表于 Post on 2025-4-17 21:00:58

优化之后原子坐标变了，原子周围的环境变了，优化完之后做单点能，应该就不会变了

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