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一个自动做批量构象搜索的脚本(调用xtb、crest结合Molclus中的isostat)

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发布时间: 2025-4-23 18:35

正文摘要:

本帖最后由 Senn 于 2025-4-23 18:35 编辑 因为本人的研究时常要做构象搜索,参考群主的文章:使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公 ...

回复 Reply

student0618 发表于 Post on 2025-12-10 12:38:03
songjianping25 发表于 2025-12-10 10:37
您好,现在,为什么crest读取不了xyz文件,说coord file does not exist. 我看crest文档是需要toml格式吗 ...

资讯不足无法判断,至少要说如何操作、基本检查当前目录及文件路径等。

Sob老师这帖 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 文末有用crest 示例的。
songjianping25 发表于 Post on 2025-12-10 10:37:01
student0618 发表于 2025-10-27 20:24
All options: https://crest-lab.github.io/crest-docs/page/installation/install_basic.html

precom ...

您好,现在,为什么crest读取不了xyz文件,说coord file does not exist. 我看crest文档是需要toml格式吗,你那边xtb分子动力学后的文件怎么可以让crest读取的。
songjianping25 发表于 Post on 2025-12-10 08:55:01

ERROR STOP coord file does not exist.你好这个问题为什么?
Senn 发表于 Post on 2025-11-27 15:39:14
王涛 发表于 2025-11-26 18:49
帖主你好。请问如果是带电体系,需不需要从第一步xtb跑动力学模拟就加上chrg和uhf

需要的
王涛 发表于 Post on 2025-11-26 18:49:16
帖主你好。请问如果是带电体系,需不需要从第一步xtb跑动力学模拟就加上chrg和uhf
王涛 发表于 Post on 2025-11-26 18:45:18
student0618 发表于 2025-11-26 13:15
All options 有3个选项,不同的安装方法

Precompiled binaries 是第一个选项,最简单的下载解压缩即用

感谢感谢
student0618 发表于 Post on 2025-11-26 13:15:24
王涛 发表于 2025-11-26 11:36
你好,这两个选项分别有什么不同呢?

All options 有3个选项,不同的安装方法

Precompiled binaries 是第一个选项,最简单的下载解压缩即用
王涛 发表于 Post on 2025-11-26 11:36:41
student0618 发表于 2025-10-27 20:24
All options: https://crest-lab.github.io/crest-docs/page/installation/install_basic.html

precom ...

你好,这两个选项分别有什么不同呢?
student0618 发表于 Post on 2025-10-27 20:24:10
SheldonHee 发表于 Post on 2025-10-20 16:59:13
您好,请问crest在哪能下载呀
895098540wkw 发表于 Post on 2025-10-9 22:53:34
Senn 发表于 2025-7-28 19:34
才看到不好意思哈,执行xtb和执行crest的关键词那里设置,关键词是chrg和uhf   比如xtb的话就是 --chrg 0 ...

请问我在执行crest时定义了uhf 2,算三线态,但是就报错,请问是什么原因呀?

Command line input:
$ crest xtbopt.xyz --gfn2 --chrg 0 --uhf 2 --ewin 10 --mdlen 5 --noreftopo
  --gfn2               : Use of GFN2-xTB requested.
  --chrg 0
  --uhf 2
  --ewin 10
  --mdlen 5 (MD length in ps)

> Setting up backup calculator ... done.
...
...
Generating MTD length from a flexibility measure
------------------------------------------------
Calculating GFN0-xTB WBOs   ... done.
Calculating NCI flexibility ...forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC                Routine            Line        Source            
crest              0000000000BE995B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000BE8F8B  Unknown               Unknown  Unknown
crest              0000000000B74DA2  gfnff_setup_mod_m         227  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B74338  gfnff_setup_mod_m          78  gfnff_setup.f90
crest              0000000000B4AE93  gfnff_interface_m         220  gfnff_interface.f90
crest              00000000004EB356  gfnff_api_mp_gfnf          67  gfnff_api.F90
crest              00000000007C3B4B  nciflexi_gfnff_           252  flexi.F90
crest              00000000007EE58E  nciflexi_                 254  legacy_wrappers.f90
crest              000000000074D6C3  md_length_setup_           67  choose_settings.f90
crest              000000000057BEC2  crest_search_imtd          77  search_conformers.f90
crest              00000000008AC04B  MAIN__                    237  crest_main.f90
crest              000000000040A1FD  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B52295D0  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00001536B5229680  __libc_start_main     Unknown  Unknown
crest              000000000040A115  Unknown               Unknown  Unknown
Senn 发表于 Post on 2025-7-28 19:34:45
influenza 发表于 2025-7-10 10:18
感谢楼主好东东!问一下,在哪里指定体系的电荷和自旋多重度信息?

才看到不好意思哈,执行xtb和执行crest的关键词那里设置,关键词是chrg和uhf   比如xtb的话就是 --chrg 0 --uhf 0, crest就是  -chrg 0 -uhf 0
influenza 发表于 Post on 2025-7-10 10:18:34
感谢楼主好东东!问一下,在哪里指定体系的电荷和自旋多重度信息?

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