面向高通量的绝对结合自由能的计算

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发布时间: 2025-4-24 16:58

本帖最后由 tink 于 2025-4-24 16:51 编辑随着计算机硬件和算法发展，绝对结合自由能计算不再昂贵。今天给大家介绍一种可以应用于高通量筛选的绝对结合自由能计算。输入文件准备在使用 BFEE3 实现的 LDD ...

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ErikZhang 发表于 Post on 2025-6-19 09:39:07

tink 发表于 2025-6-18 21:12
doi.org/10.1038/s43588-025-00821-w

感谢，我去学习学习

tink 发表于 Post on 2025-6-18 21:12:28

ErikZhang 发表于 2025-5-30 11:45
能贴一下paper么？想学习学习

doi.org/10.1038/s43588-025-00821-w

hdjjys 发表于 Post on 2025-6-3 09:51:08

tink 发表于 2025-6-3 09:40
我们前期的测试都是在namd上进行的，目前是完成了算法部分，接下来的bfee3，我们在努力实在gmx的实现。

谢谢，期待

tink 发表于 Post on 2025-6-3 09:40:37

hdjjys 发表于 2025-6-2 15:58
请问只有NAMD才支持LDDM吗？如果是Gromacs用户，似乎只有Geometrical route，和BFEE2一样。

我们前期的测试都是在namd上进行的，目前是完成了算法部分，接下来的bfee3，我们在努力实在gmx的实现。

hdjjys 发表于 Post on 2025-6-2 15:58:31

请问只有NAMD才支持LDDM吗？如果是Gromacs用户，似乎只有Geometrical route，和BFEE2一样。

tink 发表于 Post on 2025-5-30 12:05:55

ErikZhang 发表于 2025-5-30 11:45
能贴一下paper么？想学习学习

目前还没有published，还要再等一会

ErikZhang 发表于 Post on 2025-5-30 11:45:24

能贴一下paper么？想学习学习

吹梦到西洲 发表于 Post on 2025-5-30 10:16:30

请问一下是只支持AMBER系列和CHARMM系列的力场吗？体系除了蛋白配体以外还有一个用UFF描述的基底，可以用同样的方法做吗？

lonewolf659 发表于 Post on 2025-4-30 17:42:14

哇，免费的ABFE工具，👍👍👍

tink 发表于 Post on 2025-4-25 10:24:59

Peng14 发表于 2025-4-25 08:48
可能是这个？https://github.com/fhh2626/BFEE2/tree/3.0-dev
也可以直接：git clone -b 3.0-dev https: ...

感谢帮帖

tink 发表于 Post on 2025-4-25 10:24:27

zhouoh 发表于 2025-4-25 05:13
想问下能贴一下GitHub仓库的链接吗？我这里搜索没有找到

google 直接搜关键词应该可以

Peng14 发表于 Post on 2025-4-25 08:48:21

zhouoh 发表于 2025-4-25 05:13
想问下能贴一下GitHub仓库的链接吗？我这里搜索没有找到

zhouoh 发表于 Post on 2025-4-25 05:13:18

想问下能贴一下GitHub仓库的链接吗？我这里搜索没有找到

jxt 发表于 Post on 2025-4-24 17:18:28

有搞头哇，竟然超过了fep+

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