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关于生成可用于GROMACS模拟的配体拓扑文件的问题

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NEW12138

发布时间: 2025-4-28 22:45

正文摘要:

本帖最后由 NEW12138 于 2025-4-29 10:25 编辑问题：输入swissparam及charmm-gui生成配体拓扑文件的输入文件格式应该用mol文件还是mol2? 用同一个结构分子分别导出mol和mol2文件，输出拓扑文件时，压缩文件包里 ...

回复 Reply

popelrain 发表于 Post on 2025-5-14 21:24:34

学习中

NEW12138 发表于 Post on 2025-4-30 09:34:22

student0618 发表于 2025-4-29 17:16
有没有试过用CGenFF 服务器？

试过，挂了梯子没有学校邮箱也注册不了

student0618 发表于 Post on 2025-4-29 17:16:42

有没有试过用CGenFF 服务器？

Loading0760 发表于 Post on 2025-4-29 11:22:47

肯定是mol2格式比较好,mol2格式记录了原子电荷,原子类型,成键,化学键类型,这样的信息的更丰富的.输出的拓扑文件有差异具体是指什么,是力场文件有问题吗?
swissparam导入之后也可以修改的吧,把不合理的成键改一下就行.不过真的做非标准氨基酸的话可以参考http://sobereva.com/266这里提到的工具

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