认真看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

大概率是因为你的 Rep 里 Drawing Method 用的是 CPK，而 CPK 默认以第一帧的原子间距作为连接，不会根据后续帧的原子间距来调整显示的连接。

如果要观察 H-O 距离随时间的变化，建议新增 New Rep，将原先的 Rep 的 Drawing Method 改为 VDW，new Rep 的 Drawing Method 改为 DynamicBonds，并设置好 Distance Cutoff。这样就能看到合理的 H-O 距离了。

另外，还可以再新增 new Rep ，把 Drawing Method 设置为 HBond 并设置合理的 Distance Cutoff，观察氢键。