syarnold 发表于 2025-5-20 15:45
感谢社长回复！

我想尝试一下sobtop用谐振势方法生成拓扑（二茂铁例子：使用Sobtop超级方便地创建二茂 ...

我没时间仔细检查。对于维持刚性的目的，本质上就是用谐振势进行限制，都不需要基于Hessian来算严格的k，直接让sobtop直接猜力常数就够了

syarnold 发表于 2025-5-19 14:34
首先非常感谢社长回复。

这段时间我根据社长在此帖以及公社群里的回复，针对我之前模拟的一些问题进行 ...

1 不需要分别产生拓扑信息

2 溶剂中的构象和堆叠进入晶体后的构象差异大很正常，分子间相互作用情况明显不同。溶液中构象正常的话就不需要考虑这个

3 有可能导致晶体长得较慢，因为MD过程中分子和离子自发产生那种排列的概率较低

4、5 如果你是指设成和晶体中的构象一样的刚性结构，可以一试，但物理意义不清楚，就算跑出来了也可能被审稿人comment

6 可能在微观尺度来看就是很难产生。虽然你也可以尝试不同原子电荷、力场看看情况

水要用专门的水模型，不要用通用的拓扑文件产生工具产生。这在http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20明确说了

你的prod.mdp里的控压设置和贴子里写的不同

晶体生长的速度相对于溶解过程慢得多，可能时间不够长。并且要恰当设置温度，特定力场下的物质的熔点和实验可能相差不少，温度设置要留有余量。并且先确保结晶过程的温度设置下，原有的晶体能始终稳定存在。

创建拓扑文件的时候绝对不要把Na+和阴离子部分作为整体。