weimin6919 发表于 2025-9-29 17:28
看了你的贴子，我十分感兴趣，如果使用尿素分子复现一次这篇文章是不是更有助于理解后续的结晶模拟。本人也 ...

后来我也尝试了用尿素分子简单算了一下MD，结果发现随着时间推移溶液中大量尿素分子自动就能吸附到了一块（类似开始结晶），后来更深入的我没继续算了，但是结合冰、氯化钠之类结晶的案例来看，我感觉模拟不出来结晶生长的原因之一可能是和目标分子的构象有关系，复杂一些的分子就比较难模拟ε=(´ο｀*)))

看了你的贴子，我十分感兴趣，如果使用尿素分子复现一次这篇文章是不是更有助于理解后续的结晶模拟。本人也是结晶方向，涉及到晶体生长的模拟真的少之又少。

XXWxxw 发表于 2025-9-23 17:30
借此贴求问社长，涉及分解反应的结晶过程有办法模拟吗？比如铝酸钠溶液中分解析出氢氧化铝晶体，氢氧化钠 ...

这得做从头算动力学或者反应力场的动力学

sobereva 发表于 2025-5-21 03:54
我没时间仔细检查。对于维持刚性的目的，本质上就是用谐振势进行限制，都不需要基于Hessian来算严格的k， ...

借此贴求问社长，涉及分解反应的结晶过程有办法模拟吗？比如铝酸钠溶液中分解析出氢氧化铝晶体，氢氧化钠留在溶液中。

syarnold 发表于 2025-5-20 15:45
感谢社长回复！

我想尝试一下sobtop用谐振势方法生成拓扑（二茂铁例子：使用Sobtop超级方便地创建二茂 ...

我没时间仔细检查。对于维持刚性的目的，本质上就是用谐振势进行限制，都不需要基于Hessian来算严格的k，直接让sobtop直接猜力常数就够了

syarnold 发表于 2025-5-19 14:34
首先非常感谢社长回复。

这段时间我根据社长在此帖以及公社群里的回复，针对我之前模拟的一些问题进行 ...

1 不需要分别产生拓扑信息

2 溶剂中的构象和堆叠进入晶体后的构象差异大很正常，分子间相互作用情况明显不同。溶液中构象正常的话就不需要考虑这个

3 有可能导致晶体长得较慢，因为MD过程中分子和离子自发产生那种排列的概率较低

4、5 如果你是指设成和晶体中的构象一样的刚性结构，可以一试，但物理意义不清楚，就算跑出来了也可能被审稿人comment

6 可能在微观尺度来看就是很难产生。虽然你也可以尝试不同原子电荷、力场看看情况

水要用专门的水模型，不要用通用的拓扑文件产生工具产生。这在http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20明确说了

你的prod.mdp里的控压设置和贴子里写的不同

晶体生长的速度相对于溶解过程慢得多，可能时间不够长。并且要恰当设置温度，特定力场下的物质的熔点和实验可能相差不少，温度设置要留有余量。并且先确保结晶过程的温度设置下，原有的晶体能始终稳定存在。

创建拓扑文件的时候绝对不要把Na+和阴离子部分作为整体。