请问我将vmd，orca和Multiwfn都加入系统变量，也修改了ESP_orca.sh文件中的路径，运行后出现如下报错，请问要怎么排除呢？附上我的输入文件

Stardust0831 发表于 2025-8-14 21:29
g16用不了GFN2-xTB这种半经验级别，所以我自己的工作流不会用g16。
简单给你讲一下怎么批量运行：
（假 ...

感谢感谢！

Stardust0831 发表于 2025-8-14 21:07
gjf是gaussian的格式，我会用gjf当输入是因为我建模的主力软件是gview。
你文件里写的事实上是orca的格 ...

感谢回复！

wwwwwt 发表于 2025-8-13 11:08
请问有针对Gaussian16 Linux版本的批量计算静电势脚本吗？

g16用不了GFN2-xTB这种半经验级别，所以我自己的工作流不会用g16。
简单给你讲一下怎么批量运行：
（假设gaussian已经被正确安装，在环境变量里了）
1.批量执行gjf文件

1. for inf in *.gjf
   
2. do
   
3. echo Running ${inf} ...
   
4. g16 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
   
5. done

复制代码

这5行单独当一个sh脚本，可以执行当前目录下所有以.gjf结尾的文件。

2.批量生成波函数文件：

1. for inf in *.chk
   
2. do
   
3. formchk ${inf}
   
4. done

复制代码

3.生成用于绘图的格点文件：

1. for inf in *.fchk
   
2. do
   
3. echo Export cub file from ${inf} ...
   
4. Multiwfn.exe $inf << EOF > log.txt
   
5. 5
   
6. 1
   
7. 3
   
8. 2
   
9. 0
   
10. 5
    
11. 12
    
12. 1
    
13. 2
    
14. 0
    
15. r
    
16. totesp.cub
    
17. 13
    
18. 11
    
19. 5
    
20. 627.5095
    
21. 0
    
22. totesp.cub
    
23. -1
    
24. q
    
25. EOF
    
26. mv -f density.cub ${inf//.fchk/_density.cub}
    
27. mv -f totesp.cub ${inf//.fchk/_ESP.cub}
    
28. echo
    
29. done

复制代码

4.绘制esp，此时基本上类似《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频）》里的流程，只是.vmd文件要换成这个：
ESP_stardust0831.vmd (2.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2025-8-14 21:25 上传 Uploaded

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和原版的差异是cub文件命名是按“分子名_ESP.cub”这种格式的，可以直接看cub认出是哪个分子，并且有我在二楼提到的一些自定义函数，比如“xr 文件名”直接按特定文件名导出并渲染图片等。

wwwwwt 发表于 2025-8-14 09:47
楼主你好，我在运行esp_sh时，一直出现输入文件无效的错误，附件是我的输入文件，请问是哪里出错了么？

gjf是gaussian的格式，我会用gjf当输入是因为我建模的主力软件是gview。
你文件里写的事实上是orca的格式和关键词（并且关键词是过时的），这显然和gjf这个后缀不符，multiwfn当gaussian输入文件来读取自然认不出来。
把脚本里的

1. File_extension="gjf"

复制代码

改成

1. File_extension="in"

复制代码

并且把这个orca格式的文件的后缀改成.in，这样multiwfn就可以读取了。

楼主你好，我在运行esp_sh时，一直出现输入文件无效的错误，附件是我的输入文件，请问是哪里出错了么？

wal 发表于 2025-8-13 14:59
显示在哪个原子/基团上有点难吧。顶多告诉你index是多少，具体属于哪个原子/基团得自己判断

感谢

wwwwwt 发表于 2025-8-13 14:31
请问显示静电势极大值和极小值时，是否能显示其极大极小值在哪个原子或基团上么？

显示在哪个原子/基团上有点难吧。顶多告诉你index是多少，具体属于哪个原子/基团得自己判断

请问显示静电势极大值和极小值时，是否能显示其极大极小值在哪个原子或基团上么？

请问有针对Gaussian16 Linux版本的批量计算静电势脚本吗？

成功复现！
总的来说配置环境的时间并不长，跟着教程一步一步来一会儿就完成了
确实是一个很方便省事的小脚本，大大简化了绘制ESP的难度
期待下一次更新！