求助更换恒压器后原本达到平衡的系统在运行分子动力学不能达到平衡

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发布时间: 2025-5-7 22:28

本帖最后由 flymetothemoon 于 2025-5-7 22:31 编辑各位老师，大家好，我使用的gromacs版本是2024.1 我读取了之前做的NVT平衡的速度和位置，进行NPT平衡，采用的是Berendsen恒压器和Nose-Hoover恒温器， ...

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flymetothemoon 发表于 Post on 2025-5-8 09:01:45

sobereva 发表于 2025-5-7 23:38
PR压浴就是容易震荡

可以平衡相模拟和产生相模拟都用c-rescale压浴，就不会有这麻烦事

谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-5-7 23:38:36

PR压浴就是容易震荡

可以平衡相模拟和产生相模拟都用c-rescale压浴，就不会有这麻烦事

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

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