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求助GROMACS能量最小化后能量垂直下降

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17-li

发布时间: 2025-5-8 09:20

正文摘要:

我在用GROMACS跑一个纯DNA框架核酸体系，力场文件用的是amber14sb_OL15.ff_corrected-Na-cation-params/amber14sb_OL15.ff，前面运行了gmx pdb2gmx、定义晶胞（-bt dodecahedron）、体系溶剂化、添加离子（-conc 0.1 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-5-9 17:15:21

tptp 发表于 2025-5-9 09:28
sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define = -DFLEXIBLE和integrator = s ...

不冲突
只不过是用cg的时候必须用-DFLEXIBLE。用steep时可用可不用

tptp 发表于 Post on 2025-5-9 09:28:50

sobereva 发表于 2025-5-9 02:01
能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

sob老师打扰您了，这个楼主的能量最小化mdp参数用了define = -DFLEXIBLE和integrator = steep，这个是合理的参数设置吗，我记得您在课上说用cg的时候用define = -DFLEXIBLE。谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-5-9 02:01:43

能量极小化根本没有时间的概念，这种图没意义

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