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求助：轨迹查看发现溶剂分布不均匀

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watermelon_

发布时间: 2025-5-9 11:58

正文摘要:

使用的结构和运行文件来自amber官网：https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial13/index.php 运行md的过程正常查看轨迹的指令是：vmd -parm7 RAMP1_ion.prmtop -netcdf 6md.rst7 但是轨迹怎么怪怪的溶 ...

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student0618 发表于 Post on 2025-5-9 12:52:01

Amber的話要处理轨迹的周期性边界
用cpptraj中的autoimage

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watermelon_	+ 5	谢谢

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18217265596 发表于 Post on 2025-5-9 12:19:26

这更像是你跑的时候没设pbc

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