sobereva 发表于 2025-5-12 00:35
不需要

是

好的 谢谢社长

zy12 发表于 2025-5-11 20:27
社长，请问分两次跑的话，第一次的trr文件还要吗 还是只是拿最后一帧的gro文件 当做初始结构跑第二次的模 ...

不需要

是

sobereva 发表于 2025-5-11 19:50
不能
分两次跑。或者跑一次之后，再用trjconv处理，之后删除原轨迹

社长，请问分两次跑的话，第一次的trr文件还要吗 还是只是拿最后一帧的gro文件 当做初始结构跑第二次的模拟，用第二次生成的trr文件

zy12 发表于 2025-5-11 18:50
社长 请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗，如果按0.05 ps保存速度的话，跑120 ns最后出来的trr文件太大 ...

不能
分两次跑。或者跑一次之后，再用trjconv处理，之后删除原轨迹

sobereva 发表于 2025-5-11 18:36
nstvout = 500设得太大，速度每0.5 ps保存一次速度，显然导致VACF统计间隔非常大

社长 请问Gromacs能分时间段设置保存频率吗，如果按0.05 ps保存速度的话，跑120 ns最后出来的trr文件太大了，就像文献中后80-120 ns以小频率保存

sobereva 发表于 2025-5-11 18:32
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的 社长 我下次注意。

nstvout = 500设得太大，速度每0.5 ps保存一次速度，显然导致VACF统计间隔非常大

zy12 发表于 2025-5-11 13:00
命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e  ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

命令是gmx velacc -f prod14.trr -s prod14.tpr -n index1.ndx -o cation_vac15.xvg -dt 0.05 -b 80000 -e 120000