student0618 发表于 2025-5-12 21:30 谢谢！我参考Sob老师的帖子看看。ありがとう！ |
raku 发表于 2025-5-12 16:46 就用vmd中显示出那些分子的方法，可参考sob老师的帖http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html 或论坛搜vmd的selection syntax/语法，有大量例子。 (我只是个学生哦，不用那么客气，先前电脑没中文输入法便用英语回) |
student0618 发表于 2025-5-11 23:07 Hello professor, I am encountering an issue when using Volmap, could you please give some comments/advice? My system consisted of 1000 molecules, the first 200 is molecule A, the other 800 molecules are B. I wish to calculate spatial distrubution of resid 101(molecule A) to check how the molecule B surrounding the molecule A. how can i selecet molecules in volmap? In gmx spatail command, I can select correspoind molecules using interactive selection command. but i am confused how to select in Volmap. |
北大-陶豫 发表于 2025-5-11 22:18 谢谢提醒！去复习规定了 |
Stardust0831 发表于 2025-5-11 22:28 明白了，我试试更小的采样区间 |
student0618 发表于 2025-5-11 23:07 Thanks for your kind reply and I will try to rerun the SDF using volmap. |
sobereva 发表于 2025-5-12 00:41 嗯嗯 谢谢社长，我尝试用volmap试下 |
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如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “cube美观显示” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。 格点间距太大，等值面不丑才怪。并且用volmap考虑Gaussian函数平滑效果好得多，搜公社论坛，我回答过无数次 |
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本帖最后由 student0618 于 2025-5-11 23:10 编辑 use volmap in VMD, you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2901&pid=334895 |
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推荐一下《使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版》 也可以参考这个改《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）》 当前格点数据看起来很粗糙，可能是采样不足/精度不够的原因，这是计算cub时候的问题了，与“美观显示”无关 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 谢谢分享 |
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发帖时务必注意恰当填写标题！！！ http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420 (出处: 计算化学公社) |
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