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使用Multiwfn自由体积可视化问题

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本主题由 sobereva 于 2025-5-12 02:01 分类

chenyp

发布时间: 2025-5-12 01:26

正文摘要:

各位朋友好，我想请教一个有个VMD可视化的问题。我的.xyz文件是从.lammpstrj中写的，然后.xyz用vesta转化成.pdb文件，手动加上盒子的信息（CRYST1 41.429 41.429 41.429 & ...

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chenyp 发表于 Post on 2025-5-12 16:36:57

问题已经解决了，我把盒子移动了。
set sel [atomselect top all]
$sel moveby {-8.19026 -8.19026 -8.19026}
非常感谢您们的回复！

说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？（不是很清楚

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-5-12 14:13:12

去python脚本、.xyz文件和VESTA的绕圈操作意义不明，直接用VMD加载.lammpstrj轨迹，主窗口选中相应molecule id再去File - Save Coordinates保存相应帧为.pdb格式不就转换好格式了……而且.lammpstrj本就有盒子信息，VMD加载完以后pbc box也能画出来。说起来ITEM: BOX BOUNDS定义的盒子范围为什么不是从0开始呢？

chenyp 发表于 Post on 2025-5-12 09:54:24

pdb文件也是这样，盒子与分子簇发生了偏移。

sobereva 发表于 Post on 2025-5-12 02:04:51

lammps的情况我不清楚。没有你的完整文件也没法测试。我只能说常规的带盒子的体系，习俗上坐标是从0,0,0开始。建议你确保用VMD载入pdb文件并用pbc box显示盒子后，能看到原子都在盒子范围内，如果不是这样说明之前的处理有问题

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