hpct 发表于 2025-5-15 12:38 里面的out和molden文件都是我重算出来的 |
sobereva 发表于 2025-5-14 23:38  sob老师，您发的网盘链接里面的文件是我贴上去的源文件，可以重新发一个链接么 |
sobereva 发表于 2025-5-14 23:38 感谢sob老师  |
hpct 发表于 2025-5-14 16:42 只能认为你的molden文件有问题 我用你的2ps.zip里的2ps.inp重算了一次（CP2K 2025.1），产生的molden文件没有任何问题，Multiwfn算出来的原子电荷加和精确为0 所有相关文件：链接: https://pan.baidu.com/s/1EpVV37ReL67Jml0gaU_kkA 提取码: jcp9 不知道你的文件是怎么搞的，只能说正常方式计算，毫无问题。 |
sobereva 发表于 2025-5-14 02:07 sob老师好，感谢回复，现已将文件压缩用网盘形式贴出，关于molden文件中的盒子信息，在做计算前详细的看过了651博文，将盒子信息添加进去了，应该不是这个的问题。 |
没给molden文件，没法判断。世界上有叫做网盘的东西，而且要了解什么叫文件压缩，置顶的社员必读贴都明确说了分享小文件为了方便可以用附件，大文件的话请尽量用网盘。如果是提问的时候需要发计算程序输出文件（或者其它各种文本型文件）给别人看，且文件大于500 KB，一定要压缩后再发，以节约论坛空间、减少下载耗时！如果压缩后还超过5MB，请用网盘。如果你对文件压缩毫无概念的话，认真看《计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识》（http://sobereva.com/672）。 如果Multiwfn算出来所有原子电荷加和与实际不符，大概率是你没在molden里按下文添加盒子信息 详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html） |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-13 13:24 感谢老师的回复 |
hpct 发表于 2025-5-13 11:02 虽然无关帖子主题，但这段分子动力学轨迹确实有几个问题： (1) 盒子尺寸不对，用multiwfn加载8A.inp后在主功能0里查看结构，会发现X和Y方向留有真空，也就是周期镜像之间会有缝隙，这显然不满足Al-Zn合金结构的周期性。检查下载入multiwfn生成8A.inp的结构文件有没有晶胞信息（pdb、cif等有，而xyz没有），如果没有则需在multiwfn里自行补充定义，要不然multiwfn会当成非周期性体系而自动添加真空区。 (2) 剪切层和自由层间距超过10埃，二者隔着这么远的真空基本上相互作用很弱了，不符合高压剪切的实际场景。此外在XYZ三维周期性盒子里也得考虑跨越盒子的距离，现在z轴方向真空留得不够多，剪切层与周期镜像里的固定层下表面会有多余的相互作用。 (3) &FORCE_EVAL/&SUBSYS/&VELOCITY字段只能提供初始速度，不能定义模拟全程恒定速度的移动；当前Al-adulterate1-pos-1.pdb轨迹里剪切层看似能持续运动，实际上只是真空中不受阻地飘浮而已。严格实现恒定速度运动，得用&FORCE_EVAL/&SUBSYS/&COLVAR定义距离集合变量加上&MOTION/&CONSTRAINT/&COLLECTIVE/TARGET_GROWTH定义集合变量的增长速度。集合变量大概可以用剪切层质心和固定参考点的距离来定义。 (4) 鉴于剪切是非平衡动力学过程，可能热浴和压浴的使用范围也要考虑一下，比如热浴不应该作用于恒定速度移动的剪切层之类。但是这个我不是很确定，看看类似文献研究怎么说的吧。 (5) 给模拟所用的PBE泛函添加DFT-D3或者DFT-D4等形式的色散校正，对描述相互作用或许比较有益。 (6) 其实CP2K可以边做分子动力学任务边输出molden文件的，倒也不必要提取一些帧的结构重新算单点。当然这里也有取舍，直接对过程中输出的波函数批量分析可以得到动态变化的信息，而重新算少数单点可以提升计算级别（泛函、基组、截断能等等）而获得更高质量的静态描述。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-13 10:58 动力学文件已经上传了 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-13 10:58 molden文件有500多mb太大了，好像上传不了 |
hpct 发表于 2025-5-13 10:40 这是取了一帧重算单点的输入输出文件？那么molden文件呢，以及前面CP2K跑动力学的文件（输入、输出、轨迹）呢？似乎当前体系在X和Y方向不满足周期性，所以得看看之前是怎么产生的这个结构。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-13 10:28 好的老师，我已经上传了，麻烦老师了 |
| 请将其他CP2K的输入输出文件打包压缩上传为帖子附件看看，想先确认下这六百多金属原子的体系的波函数计算细节。 |
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