含二氧化硅的盐溶液冻结模拟与冰拼接后能量最小化不收敛

查看数: 191 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-5-13 12:14

利用其他大神帖子中提到的amber14sb_OL15-Silica.ff中力场参数，并用sobtop生成了二氧化硅的itp文件，现含二氧化硅的盐溶液能量平衡后无问题，但与冰结构拼接后能量最小化不收敛，目出现边界处出现发散情况，确定 ...

回复 Reply

CB2024 发表于 Post on 2025-5-13 17:26:17

牧生发表于 2025-5-13 16:10
你的二氧化硅只是孤立的一个小块，那么，有使用羟基饱和边缘吗？

在ms里已经用OH饱和过了，净电荷为0，但是在vmd中显示就是这样的，之前您在另一篇帖子回复我的推荐二氧化硅力场参数已经使用了，但这次就是不收敛，请大神费心再帮忙看看

牧生 发表于 Post on 2025-5-13 16:10:00

你的二氧化硅只是孤立的一个小块，那么，有使用羟基饱和边缘吗？

Seyilaxa 发表于 Post on 2025-5-13 14:57:11

看一下atom 1491是什么原子，这么大的受力可能是拓扑文件或者起始结构不合理
另外说句不重要的，盒子周围的真空区有些太大了，能量最小化完冰的结构已经明显看到散了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register