slxc920113 发表于 2025-5-15 17:55 好，谢谢老师，我的崩溃问题先是检查了力场文件发现没有问题，我是在lammps里面建成盒子之后就forcite优化了一下，用的cvff力场导出的data文件，后更换了oplsaa参数，模型较小的话0.01fs可以模拟，模型较大的花就0.001fs才能模拟，增大就会报错同一类型键原子丢失，目前找不到问题了，老师可以帮忙看看吗 |
sarphuart 发表于 2025-5-15 09:08 好，谢谢 |
本帖最后由 slxc920113 于 2025-5-15 18:24 编辑 huangzi 发表于 2025-5-15 16:59 
AuToFF本身是缺失O-C-O的成键参数的，在公开的OPLS-AA力场参数中是没有检索到的，所以是用当前的角度作为平衡角度，加了harmonic的角约束势。LigPargen是怎么补齐的不清楚。 至于你的崩溃问题，应该和这个没有关系，你先检查你的步长是否正确，单位制有没有搞错。 |
huangzi 发表于 2025-5-14 19:43 你把差异标注出来，什么分子的什么原子，什么参数，AuToFF和Ligpargen各是什么，才能分析。 |
chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58 ligpargen也需要检查的，尤其是带F原子的体系有明显的错误，三哥写的代码不要过于相信。 |
chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58 老师ligpargen只有参数，看不到原子id，我要怎么样才能将参数和原子一一对应呢，以前是借助autoff |
sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54 那老师假如我要求聚碳酸酯的OPLS-AA力场，不使用AUTOFF,使用ligpargen求是不是也可以啊？但ligpargen无法确认原子序号，所以我辅助使用了AUTOFF下的OPLS-AA/L力场的键参数来反推到ligpargen的原子序号，从而在使用ligpargen下的力场参数，这种可以吗？ |
huangzi 发表于 2025-5-14 19:43 有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具 |
neocc 发表于 2025-5-15 03:08 你换个力场或者同时选择多个力场，系统会自动把不被识别的原子 DU 加到另一个可被识别的力场上，只要不出现 DU 力场说明力场就兼容了所有原子，就可以进行下一步了 |
sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54 请问如何在autoFF里面使用指定某个原子的杂化力场呢？ |
huangzi 发表于 2025-5-14 10:44 说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备选的杂化力场达到能够匹配所有原子的目的。 |
huangzi 发表于 2025-5-14 22:00 可以认为是离子，力场识别的时候被标注为DU |
neocc 发表于 2025-5-14 21:42 老师麻烦问下您说的是离子吗，可以理解为聚碳酸酯在autoff下算出的力场存在误差吗，假如要模拟运行的话那是要直接使用ligpargen下生成的opls-aa参数吗，谢谢老师 |
| 带电的结构好像有点问题，autoff使用CgenFF和IFF力场也会有报错 |
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